Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNA

Công nghệ mRNA Seq khá đơn giản gồm 3 bước phá nhỏ mRNA hoặc cDNA, tổng hợp cDNA từ mRNA và gắn linker. Trật tự 3 bước này có thể đảo chỗ cho nhau như trường hợp a, b và c. Công nghệ giải mã hiện giờ mỗi một phản ứng giải trình tự gene thường được khoảng 800 - 1000 nucleotide. Bằng cách giải mã từng BAC clones theo hướng short-gun thì một dự án giải mã genome lớn như lúa hay người mất đến vài năm...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNA Công nghệ giải mã DNA thế hệ mới dành cho mRNACông nghệ mRNA Seq khá đơngiản gồm 3 bước phá nhỏ mRNAhoặc cDNA, tổng hợp cDNA từmRNA và gắn linker. Trật tự 3bước này có thể đảo chỗ cho nhaunhư trường hợp a, b và c. Công nghệ giải mã hiện giờ mỗi một phản ứng giải trình tự gene thường được khoảng 800 - 1000 nucleotide. Bằng cách giải mã từng BAC clones theo hướng short-gun thì một dự án giải mã genome lớn như lúa hay người mất đến vài năm. Các nhà khoa học đã cho ra đời một công nghệ giải mã mới (454 của 454 Life Sciences, Solexa củaIllumina và SOLiD của ABI) cóthể cùng một lúc chạy từ vài trămngàn cho đến chục triệu trình tựtrong 1 phản ứng. Tuy nhiên,những trình tự kết quả này chỉ cókích thước từ vài chục nucleotide(Solexa và SOLiD) hoặc khoảng400 nucleotide (công nghệ 454).Các trình tự ngắn này sẽ được nốithành một trình tự liên tục bằngthuật toán tin sinh học. Điều nàyđã mở ra một kỷ nguyên mới đểmột lab sinh học phân tử trungbình có thể giải mã một genomecủa một sinh vật mới chỉ trong vàituần với chi phí vào khoảng vàingàn USD. Bài báo trên Nature mới đăng đã ứng dụng công nghệ giải mã thế hệ mới trên cho trường hợp mRNA. Ý tưởng này có thể thay thế công nghệ dựng ngân hàng EST cổ điển hoặc thậm chí kỹ thuật microarray hiện đang thịnh hành. Công nghệ này gọi là mRNA- Seq đã được thử nghiệm xây dựng transcriptomes trên Saccharomyces pombe 1, Saccharomyces cerevisiae 2, 3 4 Arabidopsis thaliana và chuột , 5 . Đáng chú ý là công trình trên S. pombe 1 đã giải mã 122 triệu trình tự có kích thước cỡ 39bp, những trình tự nhỏ này khi được tổ hợp lại thì chiếm gần 5Gb nghĩa là gấp 250 lần hệ genome của sinh vật này. Công nghệ mRNA-Seq được cho rằng có thể nhận diện gene đã biết, khám phá gene mới, xác định vị trí các intron 1, khám phá các mô hình tổ hợp mRNA 4 5 (mRNA splicing) , và thậm chí có thể định lượng mRNA 3.Tài liệu tham khảo1: Wilhelm, B. T. et al. Nature 453,1239–1243 (2008).2: Nagalakshmi, U. et al. Sciencedoi: 10.1126/science.1158441(2008).3: Lister, R. et al. Cell 133, 523–536 (2008).4: Mortazavi, A., Williams, B. A.,McCue, K., Schaeffer, L. & Wold,B. Nature Methods doi:10.1038/nmeth.1226 (2008).5: Cloonan, N. et al. NatureMethods doi: 10.1038/nmeth.1223(2008).