Công nghệ sinh học trong bảo vệ thực vật - Phân tích DNA

Tài liệu tham khảo chuyên ngành công nghệ sinh học trong bảo vệ thực vật - Phân tích trình tự trong DNA.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Công nghệ sinh học trong bảo vệ thực vật - Phân tích DNAPhântíchtrìnhtựDNA 1.Sequencing 2.Phântíchchuỗi 3.XâydựngcâyphảhệSequencing(Sanger) cũSequencing(Sanger) cũ Sequencing(Sanger) cũ ACGTACGTACG Sequencing(Sanger) new Bigdye terminatorSequencingvớiBigDyeterminatorSequencing(Sanger)–đọc kếiệndi Đ tquả gelSequencing(Sanger)–đọc Đkếtquả iệndimao quản Sequencing(Sanger)–đọc kếtquảĐiện di gel Điện di mao quảnApplied Biosystems Applied BiosystemsPRISM 377 PRISM 3700(Gel, 34-96 lanes) (Capillary, 96 capillaries)Sequencing(Sanger)–kết quả Sequencing(Sanger)–kết quảVídụ:SequencegenS9củariceruggedstuntvirus(RRSV) 1.RTPCR 2.Thôigel 3.Sequencing2chiều 4.Kiểmtrasequence 5.Biêntậpsequence Phầnmềmbiêntập SeqMan(DNASTAR=$$$) DNABaser(free) PhântíchDNATìmkiếmchuỗitrênngânhàng gen Ngânhànggen(Genbank) NCBI(NationalCenter forBiotechnology Information) TìmkiếmchuỗiS9Cần Thơ PhântíchDNACăntrìnhtựđachuỗi(multiple sequencealignment) Căntrìnhtựđachuỗi 16SRNAcủa5vikhuẩn PhầnmềmClustalX PhântíchDNAXácđịnhmứcđồngnhất nucleotideXácđịnhmứcđồngnhất16SRNAcủa5vikhuẩnPhầnmềmBioedit PhântíchDNAXácđịnhkhoảngcáchditruyềốthaythếntstrên làs n vịtrí A=?thaythế B=?thaythế Phảidùngmô hìnhthaythế Vd:dùngJukes Cantor 3.8/11vịtrí (0.346/vịtrí) PhântíchDNAXácđịnhkhoảngcáchdi truyềnTínhkhoảngcáchditruyền của5chuỗi16SRNAcủa5 vikhuẩnPhầnmềmMEGA PhântíchDNAXâydựngcâyphảhệCácthuật ngữ Cácthuật ngữ - taxa - sister taxa - common ancestor - cladetime - nodes - branches - root Ýnghĩacác chiều B Taxon Taxon C Không có ý nghĩa Taxon A Taxon D Taxon E• Không có scale => không có ý nghĩa => cladograms• Có scale, tỷ lệ với KCDT => có ý nghĩa => phylograms (= additive trees)• Có scale, tỷ lệ với thời gian => có ý nghĩa => cây tiến hóa thực (=ultrametric trees) Ýnghĩacác chiều Cladogram Phylogram Dendrogram (Additive tree) (Ultrametric tree) 6 Taxon B Taxon B Taxon B 1 1 Taxon C Taxon C Taxon C 3 1 Taxon A Taxon A Taxon A Taxon D Taxon D 5 Taxon D KhoảngKhông Thờicó ý cách di gian truyềnnghĩa