Định týp (Genotyping) virus viêm gan vịt type 3 phân lập tại Việt Nam từ 2009-2013

Bài viết tập trung nghiên cứu công bố định týp genotype 3 (DHAV-3) tại Việt Nam và phân tích một số đặc tính phân tử của chúng qua so sánh với các chủng của thế giới. Mời các bạn cùng tham khảo tài liệu.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Định týp (Genotyping) virus viêm gan vịt type 3 phân lập tại Việt Nam từ 2009-2013TAPCHISINHHOC2015,37(1se):274278 DOI:10.15625/08667160/v37n1se. ĐỊNHTÝP(GENOTYPING)VIRUSVIÊMGANVỊTTYPE3 PHÂNLẬPTẠIVIỆTNAMTỪ20092013 ĐỗThịRoan,ĐoànThịThanhHương*,LêThịKimXuyến, NguyễnThịKhuê,VũThịTiến,LêThanhHòa ViệnCôngnghệsinhhọc,ViệnHànlâmKH&CNViệtNam,*doantthuong74@gmail.com TÓMTẮT:GenVP1của10mẫubệnhphẩmvirusviêmganvịtphânlậptừ 6tỉnhcủaViệt Namtrongthờigian20092013đãđượcthunhậnvàgiảimã.Phântíchtỷ lệ đồngnhất(91 100%)về nucleotidevàaminoacidchothấytấtcả cácchủngphânlậpđềuthuộcgenotype3 (DHAV3).virusDHAV3củaViệtNamcómộtvùng“siêubiếnđổi”ởđầutậncùngCcủagen VP1,trongđó6/10sốchủngcó4vịtrísaikhácđồngnhấtvàhoàntoànkhácbiệtvớitấtcảcác chủngDHAV3củathếgiới(baogồmcácvịtríT184M,Q200H,K207N,K214R).Phântíchphả hệchothấycácchủngDHAV3trênthếgiớigồm3cladechính,trongđó4/10chủngDHAV3 củaViệtNamthuộcvềmộtcladecùngvớicácchủngcủaTrungQuốc,6chủngcònlạithuộc về mộtcladeriêngbiệtvàcómốiquanhệ gầngũinhấtvớichủngB63củaTrungQuốc.Bốn chủngcủaHànQuốcthuộcvềmộtcladeriêng. Từkhóa:DHAV3,genotyping,viêmganvịt,vùngsiêubiếnđổi,VP1,ViệtNam.MỞĐẦU VẬTLIỆUVÀPHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU Viêmganvịt(DHAV) làmộtbệnhtruyền MẫubệnhphẩmvàtáchchiếtRNAtổngnhiễmcấptínhxảyra ởvịtcon16tuầntuổi, sốvàđặcbiệtmẫncảmvớivịtcondưới1tuần Bệnhphẩm viêm ganvịt được thu nhậntuổi. Bệnh lây lan nhanh với tỷ lệ chết rất tại 6 tỉnh thành: Thành phố Hồ Chí Minh,cao,cókhilênđến95100%toànđàn [7].Cho HưngYên,ĐồngNai,NinhThuận,LongAn đến nay, bệnh vẫn tồn tại và gây thiệt hại vàKhánhHòa.Cácmẫubệnhphẩmđượctiếpnặngnề về kinhtế chonhiềunướctrênthế truyền qua phôi trứng vịt 11 ngày tuổi, thugiới,trongđócóViệtNam[1,4]. nướctrứnghoặcphôichếtsau48giờ,72giờ. Virus viêm gan vịt (DHAV) gồm 3 RNA tổngsố được tách chiết bằng bộ sinhgenotypelàDHAV1,DHAV2vàDHAV3[6, phẩmRNeasyMiniKit(Qiagen)theohướng 3,1,4],trongđó,DHAV1làphổ biếnnhất. dẫncủanhàsảnxuấtvàbảoquản ở 20 oCDHAV2chỉ mớipháthiện đượchaichủng chođếnkhisử dụng.DNAbổ sung(cDNA) phân lập tại Đài Loan [5]. DHAV3 gồm đượctổnghợptheophươngphápchuyểnđổikhoảng20chủngmớiđượcphânlập ở Hàn từ RNAhệ gencủavirusbằngmồixácsuấtQuốc, Trung Quốc và một số chủng vừa (hexamer primers), sử dụng bộ kit của hãngđượcchúngtôiphânlậptạiViệtNam [3, 6, Fermentas.2]. Thu nhận gen VP1 và phân tích xử lý số Từ trướctớinay,virusviêmganvịtthuộc liệugenotype1(DHAV1)đượcghinhậnlàphổ CặpmồigenVP1củaDHAV3 [2]đượcbiếntạiViệtNam,gồmcả cácchủngcường sửdụngchophảnứngPCR,thựchiệnvớichu độcvàmộtsố chủngvirusvaccinehiệnđang trình nhiệt: 94oC/5 phút, 35 chu kỳ [94oC/60sửdụng[4]).Trongbàibáonày,chúngtôicông giây, 50oC/60 giây, 72oC/90 giây] và chu kỳbố định týp genotype 3 (DHAV3) tại Việt cuối cùng ở 72oC/10 phút. Sản phẩm PCRNamvàphântíchmộtsốđặctínhphântửcủa được tinh sạch bằng bộ kit Accuprep Gel chúngquasosánhvớicácchủngcủathếgiới. 18Purification Kit (Bioneer, Hàn Quốc) và giải Bằng cặp mồi đặc hiệ ...