Luận văn Thạc sĩ Hệ thống thông tin: Dự đoán tác dụng phụ của thuốc từ y văn sử dụng mô hình lai dựa trên mạng nơ ron

Kết cấu luận văn gồm lời mở đầu, danh mục tài liệu tham khảo, phần kết luận, luận văn có bố cục gồm 3 chương: Chương 1 - Cơ sở lý thuyết; Chương 2 - Dự đoán tác dụng phụ của thuốc; Chương 3: Thực nghiệm và kết luận. Để hiểu rõ hơn mời các bạn cùng tham khảo nội dung chi tiết của bài viết này.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Hệ thống thông tin: Dự đoán tác dụng phụ của thuốc từ y văn sử dụng mô hình lai dựa trên mạng nơ ron ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ ──────── * ─────── NGUYỄN ĐỨC ĐÔNGDỰ ĐOÁN TÁC DỤNG PHỤ CỦA THUỐC TỪ Y VĂNSỬ DỤNG MÔ HÌNH LAI DỰA TRÊN MẠNG NƠ RON LUẬN VĂN THẠC SĨ HỆ THỐNG THÔNG TIN HÀ NỘI 06 – 2021 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ ──────── * ─────── NGUYỄN ĐỨC ĐÔNGDỰ ĐOÁN TÁC DỤNG PHỤ CỦA THUỐC TỪ Y VĂNSỬ DỤNG MÔ HÌNH LAI DỰA TRÊN MẠNG NƠ RON NGÀNH : CÔNG NGHỆ THÔNG TIN CHUYÊN NGÀNH : HỆ THỐNG THÔNG TIN MÃ SỐ : 8480104.01 LUẬN VĂN THẠC SĨ HỆ THỐNG THÔNG TIN NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS. ĐẶNG THANH HẢI HÀ NỘI 06 – 2021 2 LỜI CAM ĐOAN Với mục đích học tập, nghiên cứu để nâng cao kiến thức và trình độ chuyênmôn nên tôi đã làm luận văn này một cách nghiêm túc và hoàn toàn trung thực. Trong luận văn tôi có sử dụng một số tài liệu tham khảo của một số tác giả. Tôiđã chú thích và nêu ra trong phần tài liệu tham khảo ở cuối luận văn. Tôi xin cam đoan và chịu trách nhiệm về nội dung và sự trung thực trong luậnvăn tốt nghiệp Thạc sĩ của mình. Hà Nội, ngày 20 tháng 06 năm 2021 Nguyễn Đức Đông 3 LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, tôi xin chân thành cảm ơn các thầy cô giáo trong trường Đại HọcCông Nghệ - Đại học Quốc Gia Hà Nội, đặc biệt là các thầy cô của khoa Công NghệThông Tin đã truyền đạt cho tôi những kiến thức, kinh nghiệm vô cùng quý báu trongsuốt thời gian học tập tại trường. Tôi xin gửi lời cảm ơn đến TS. Đặng Thanh Hải – giảng viên khoa Công NghệThông tin – Trường Đại học Công Nghệ đã tận tình giúp đỡ và hướng dẫn tận tìnhtrong suốt quá trình làm luận văn. Cuối cùng, tôi xin được cảm ơn đến gia đình, bạn bè đã động viên, đóng góp ýkiến và giúp đỡ trong quá trình nghiên cứu và hoàn thành luận văn. Do thời gian, kiến thức và kinh nghiệm của tôi còn hạn chế nên khóa luậnkhông thể tránh khỏi những sai sót. Tôi hy vọng sẽ nhận được những ý kiến nhận xét,góp ý của các thầy cô giáo và các bạn để đồ án được hoàn hiện hơn. Tôi xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 20 tháng 06 năm 2021 Nguyễn Đức Đông 4 MỤC LỤCLỜI CAM ĐOAN ................................................................................................. 3LỜI CẢM ƠN....................................................................................................... 4MỤC LỤC ............................................................................................................ 5DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT .......................................... 7DANH MỤC HÌNH VẼ ....................................................................................... 8DANH MỤC BẢNG BIỂU .................................................................................. 9MỞ ĐẦU ............................................................................................................ 10CHƯƠNG 1: CƠ SỞ LÝ THUYẾT................................................................... 12 1.1. THUỐC VÀ QUY TRÌNH PHÁT TRIỂN THUỐC .............................. 12 1.1.1. Quy trình phát triển thuốc (Drug development process) ................. 12 1.1.2. Tác dụng phụ của thuốc ................................................................... 14 1.2. KHAI PHÁ DỮ LIỆU VÀ CÁC THUẬT NGỮ LIÊN QUAN .............. 15 1.2.1. Định nghĩa về khai phá dữ liệu ........................................................ 15 1.2.2. Bài toán phân lớp dữ liệu ................................................................. 15 1.2.3. Học sâu và mạng nơ ron................................................................... 16 1.2.4. Đánh giá mô hình phân lớp .............................................................. 20CHƯƠNG 2: DỰ ĐOÁN TÁC DỤNG PHỤ CỦA THUỐC ............................ 21 2.1. Bài toán dự đoán tác dụng phụ của thuốc từ y văn ................................ 21 2.1.1. Bài toán nhận dạng thực thể bệnh lý và thực thể thuốc (Named Entity Recognition – NER) [11] ................................................................ 21 2.1.2. Bài toán trích xuất mối quan hệ bệnh lý do thuốc gây ra (Chemical- Induced Disease – CID) ............................................................................. 22 2.2. Bộ dữ liệu BioCreative V CDR ............................................................... 24 2.2.1. Giới thiệu về Pubmed....................................................................... 24 2.2.2. Dữ liệu quan hệ thuốc và bệnh - BioCreative V CDR ..................... 24 2.2.3. Cấu trúc kho dữ liệu BioCreative V CDR ....................................... 25 2.2.4. Cách thức xử lý dữ liệu BioCreative V CDR làm đầu vào cho bài toán trích xuất quan hệ thuốc và bệnh lý ................................................... 28 2.3. Mô hình lai dựa trên mạng nơ ron ........................................................... 31 5 2.3.1. Mô hình lai dựa trên mạng nơ ron ................................................... 31 2.3.2. Word embedding .............................................................................. 33 2.3.3. Pos ...