Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu mô phỏng bài toán tương tác của protein và polymer bằng mô hình tối giản

Đề tài đã trình bày tổng quan về vi vút nói chung và vi rút HIV nói riêng. Tác giả tập trung vào vấn đề tương tác giữa RNA và protein NC đóng vai trò quan trọng như thế nào trong vòng đời của vi rút HIV. Hiện tượng phúc hợp giữa protein mang điện tích dương mà polymer (RNA) mang điện tích âm chủ yếu là do tương tác tĩnh điện, chính vì thế, chúng ta có thể áp dụng các phương pháp vật lý với hệ tĩnh điện để nghiên cứu sự phức hợp của protein với polymer.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn Thạc sĩ Khoa học: Nghiên cứu mô phỏng bài toán tương tác của protein và polymer bằng mô hình tối giản I H C QU C GIA HÀ N I I H C KHOA H C T NHIÊN --------------------- nNGHIÊN C U MÔ PH A PROTEIN VÀ POLYMER B NG MÔ HÌNH T I GI N LU C Hà N i 2017 I H C QU C GIA HÀ N I I H C KHOA H C T NHIÊN --------------------- nNGHIÊN C U MÔ PH A PROTEIN VÀ POLYMER B NG MÔ HÌNH T I GI N Chuyên ngành: V t lí lí thuy t và v t lí toán Mã s : 60 44 01 03 LU C NG D N KHOA H C: PGS.TS. NGUY N TH TOÀN Hà N i 2017 MỤC LỤCMở đầu…………………………………………………………………………. 20.1 Lý do chọn đề tài………………………………………………………….... 20.2 Phương pháp nghiên cứu…………………………………………………… 30.3 Bố cục luận văn…………………………………………………………….. 3CHƯƠNG 1. Tổng quan về vi rút và vi rút HIV……………………………. 51.1 Tổng quan về vi rút…………………………………………………………. 51.1.1 Cấu trúc cơ bản của vi rút………………………………………………… 51.1.2 Chu kỳ sống của vi rút……………………………………………………. 61.2 Retro vi rút và vi rút HIV…………………………………………………... 71.2.1 Vi rút HIV………………………………………………………………… 81.2.1.1 Hình dạng và Cấu trúc của vi rút……………………………………….. 81.2.1.2 Vòng đời của vi rút HIV………………………………………………... 9CHƯƠNG 2. Phương trình Poisson-Boltzmann và lý thuyết tĩnh điệnDebye-Huckel………………………………………………………………….. 122.1 Phương trình Poisson – Boltzmann………………………………………… 122.2 Phương trình Debye-Huckel………………………………………………... 14CHƯƠNG 3. Phương pháp mô phỏng Monte-Carlo………………………. 183.1 Sơ lược về phương pháp mô phỏng Monte Carlo………………………….. 183.2 Điều kiện cân bằng chi tiết…………………………………………………. 193.3 Thuật toán Metropolis……………………………………………………… 20CHƯƠNG 4. Mô phỏng tương tác của polymer tích điện và protein……… 234.1 Mô hình…………………………………………………………………….. 234.2 Kết quả mô phỏng………………………………………………………….. 264.3 So sánh với lý thuyết trường trung bình tự hợp……………………………. 30Kết luận………………………………………………………………………... 32Tài liệu tham khảo…………………………………………………………….. 34Phụ Lục………………………………………………………………………… 37 ii