Nghiên cứu đa dạng di truyền Enterovirus lưu hành tại Việt Nam

Nhiễm trùng do Enterovirus (EV) ở người là một nhóm bệnh truyền nhiễm gây ra bởi vi rút thuộc loài Enterovirus A-D (EV-A-D, hơn một trăm đại diện) thuộc giống Enterovirus thuộc họ Picornaviridae. Bài viết trình bày nghiên cứu đa dạng di truyền Enterovirus lưu hành tại Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Nghiên cứu đa dạng di truyền Enterovirus lưu hành tại Việt Nam Nghiên cứu khoa học công nghệ NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN ENTEROVIRUS LƯU HÀNH TẠI VIỆT NAM VU T. L. (1), ROMANENKOVA N. I. (3), LUONG T. M. (1), NGUYEN Т. Т. Т. (4), NGUYEN B. C. (5), HUYNH K. M. (5), LE K. T. (5), PHAM V. H. (1), PONOMAREVA N. V. (2), LEONOV A. V. (2), ZVEREV V. V. (2), MAKHOVA M. A. (2), SELIVANOVA S. G. (2), DO T. H. (5), NOVIKOVA N. A. (2), GOLITSYNA L. N. (2) 1. ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm trùng do Enterovirus (EV) ở người là một nhóm bệnh truyền nhiễmgây ra bởi vi rút thuộc loài Enterovirus A-D (EV-A-D, hơn một trăm đại diện) thuộcgiống Enterovirus thuộc họ Picornaviridae [1]. Lây nhiễm đường tiêu hóa của EV (EVI) có thể khác nhau về biểu hiện lâmsàng và mức độ nghiêm trọng của bệnh: từ dạng không có triệu chứng hoặc tìnhtrạng sốt nhẹ đến viêm đa hệ thống nghiêm trọng, kèm theo tổn thương hệ thống timmạch và thần kinh trung ương. Ở Đông Nam Á, hình thức biểu hiện phổ biến nhất là phỏng nước do vi-rút ởmiệng và tứ chi. Tên gọi theo danh pháp quốc tế: Bệnh Tay chân miệng - TCM.Bệnh này thường diễn tiến dễ dàng, nhưng đôi khi phức tạp bởi các hiện tượng bệnhlý từ hệ thần kinh hoặc tim mạch. Các biến chứng có thể dẫn đến rối loạn tri giác vàvận động, và có thể tử vong do phù phổi hoặc viêm não [2-4]. Khả năng gây chết từ0,5% đến 19,0% [2] tùy thuộc vào kiểu gen của vi-rút [5]. Ở những vùng nhiệt đới ẩm và xích đạo, khí hậu và tự nhiên chính là yếu tốthuận lợi cho sự lây lan và lưu hành quanh năm của Enterovirus. Điều này góp phầnvào động lực tiến hóa của các chủng địa phương và ngoại lai, làm tăng khả năng hìnhthành các biến thể về đặc tính di truyền bệnh học, tăng độc lực và tiềm ẩn đại dịch. Do đó, việc giám sát Enterovirus ở các vùng lưu hành bệnh có tầm quan trọnglớn đối với việc dự đoán sớm sự hình thành và lây lan của các biến thể Enterovirusgây dịch phạm vi toàn cầu. Đồng thời giám sát sự lưu hành của các biến thểEnterovirus còn hỗ trợ việc thực hiện kịp thời các biện pháp phòng ngừa và pháttriển vắc-xin điều trị dự phòng. Hiện tại, vùng gene VP1, mã hóa cho protein cấutrúc capsid, là kháng nguyên chính cho sự nhận biết của hệ miễn dịch ở người, đượccác nhà nghiên cứu sử dụng phổ biến cho giám sát dịch tễ học phân tử của EV [6,7]. 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1. Vật liệu nghiên cứu ARN từ bệnh phẩm lâm sàng thu thập trên bệnh nhân nhiễm trùng Enterovirusgiai đoạn 2018-2021, được tách bằng kit Amplisens Enterovirus-FL, phân bố cácmẫu được mô tả như dưới đây: - 99 mẫu bệnh phẩm lâm sàng đã xác định non-EVA71 thu thập từ bệnh nhânmắc TCM tại bệnh viện đa khoa tại thành phố Đà Nẵng và Huế năm 2019. - 113 mẫu bệnh phẩm đã xác định non-polio EV thu thập từ bệnh nhân nhiễmtrùng EV các thể khác nhau (87 mẫu từ bệnh nhân TCM và 26 mẫu- từ bệnh nhân110 Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 26, 12 - 2022Nghiên cứu khoa học công nghệliệt mềm cấp) ở một số tỉnh miền Nam (An Giang, Bà Rịa-Vũng Tàu, Bến Tre, CàMau, Đồng Nai, Kiên Giang, Sóc Trăng, Tây Ninh, Vĩnh Long, Cần Thơ, Thành phốHồ Chí Minh) trong năm 2018-2019. - 9 mẫu bệnh phẩm dương tính với EV qua sàng lọc mẫu bệnh phẩm từ bệnhnhân TCM và nhiễm trùng thần kinh tại tỉnh Thanh Hoá trong năm 2020-2021. 2.2. Phương pháp nghiên cứu Thực hiện định loại EV bằng cách giải trình tự một phần vùng VP1 của bộ gen[7, 8]. Các đoạn mồi oligonucleotide đặc hiệu cho loài được sử dụng để khuếch đạitrình tự vùng VP1 của bộ gen CVA6. Việc giải trình tự gene được thực hiện bằng bộkit DTCS Quick Start Kit trên hệ thống giải trình tự GenomeLab GeXP (BeckmanCoulter, Hoa Kỳ) tại Viện Dịch tễ và Vi sinh mang tên Blokhina I.N.,Rospotrebnadzor, Liên bang Nga. Để phân tích phát sinh loài, nhóm nghiên cứu sử dụng trình tự nucleotide củabộ gen của các chủng vi-rút Coxsackie A6 (CVA6), được công bố trong cơ sở dữliệu quốc tế và trình tự bộ gen các chủng Enterovirus thu thập được trong quá trìnhgiám sát sự lưu hành của Enterovirus tại Liên bang Nga giai đoạn 2013-2021. Việc đọc sửa và biên tập trình tự nucleotide, xây dựng cây phả hệ và phân tíchmối quan hệ phát sinh loài được thực hiện bằng phần mềm MEGA 7.0 [9] và góiphần mềm Beast v1.8.1 [10]. 2.3. Đạo đức trong nghiên cứu Đề tài được thông qua Hội đồng đạo đức Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga trướckhi tiến hành, mã số quyết định: 1129/CN-HĐĐĐ. 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Kết quả giải trình tự vùng gene VP1 99 mẫu từ bệnh nhân TCM ở Đà Nẵng vàHuế, đã xác định thành công 67/99 mẫu bao gồm: Enterovirus A: CVA4 (n=15),CVA6 (n=10), CVA2 (n=9), CVA8 (n=3), CVA10 (n=1), CVA16 (n=1),Enterovirus B: ECHO9 (n=4), ECHO11 (n=4), ECHO18 (n=3), CVB4 (n=2),ECHO16 (n=2), CVA9 (n=2), CVB1 (n=1). Với nhóm 113 mẫu từ các tỉnh miền Nam, được phát hiện thành công 10 tuýp:Enterovirus A: EV-A71 (n=67), CVA10 (n=26), CVA16 (n=7), CVA6 (n=2), CVA2(n=1); Enterovirus B: ECHO11 (n=3), CVA9 (n=2), CB2 (n=2), ECHO6 (n=2),ECHO20 (n=2). Vi-rút CVA2 và CVA6 chỉ phát hiện ở bệnh nhân mắc TCM; EV-A71, CVA10 và CVA16 được tìm thấy ở cả bệnh TCM và bệnh nhân liệt mềm cấp;Enterovirus B chỉ phát hiện ở bệnh nhân bị liệt mềm cấp tính. Kết quả giải trình tự vùng VP1 của bộ gen các chủng Enterovirus xác địnhtrên bệnh nhân nhiễm trùng thần kinh từ tỉnh Thanh Hóa phát hiện vi-rút ECHO4(n=3), ECHO25 (n=1), ECHO30 (n=1); trên bệnh nhân mắc TCM - CVA6 (n=3),CVA8 (n=1). Như vậy, trong nghiên cứu này chúng tôi đã xác định được 20 túypEnterovirus, trong đó CVA6 được phát hiện trong các mẫu từ những vùng khác nhaucủa Việt Nam.Tạp chí Khoa học và Công nghệ nhiệt đới, Số 26, 12 - 2022 111 Nghiên cứu khoa ...