Tối ưu hoá điều kiện PCR trong khuếch đại đoạn Intron 2 của gen leptin và vùng 5'Utr của gen thyroglobulin trên DNA tách chiết từ gốc lông bò

Bài viết tiến hành thu các mẫu gốc lông của bò để tách chiết DNA tổng số. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm tối ưu hoá các điều kiện PCR trong khuếch đại đoạn gen LEP và TG5 với DNA tổng số từ gốc lông bò.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Tối ưu hoá điều kiện PCR trong khuếch đại đoạn Intron 2 của gen leptin và vùng 5’Utr của gen thyroglobulin trên DNA tách chiết từ gốc lông bòHUAF JOURNAL OF AGRICULTURAL SCIENCE AND TECHNOLOGY ISSN 2588-1256 Vol. 8(2)-2024: 4252-4258 TỐI ƯU HOÁ ĐIỀU KIỆN PCR TRONG KHUẾCH ĐẠI ĐOẠN INTRON 2CỦA GEN LEPTIN VÀ VÙNG 5’UTR CỦA GEN THYROGLOBULIN TRÊN DNA TÁCH CHIẾT TỪ GỐC LÔNG BÒ Hồ Lê Quỳnh Châu*, Dương Thị Hương, Thân Thị Thanh Trà, Đinh Văn Dũng, Nguyễn Hữu Văn, Lê Đình Phùng Trường Đại học Nông Lâm, Đại học Huế *Tác giả liên hệ: holequynhchau@huaf.edu.vnNhận bài: 29/10/2023 Hoàn thành phản biện: 30/11/2023 Chấp nhận bài: 06/12/2023 TÓM TẮT Đoạn intron 2 của gen leptin (LEP) và vùng 5’ không dịch mã (5’ UTR) của gen thyroglobulin(TG5) được xem là gen dự tuyển để chọn lọc các tính trạng liên quan đến năng suất và chất lượng thịtbò. Nghiên cứu này được thực hiện nhằm tối ưu hoá các điều kiện PCR trong việc phát hiện khuếch đạiđoạn gen LEP và TG5. Các mẫu gốc lông bò được sử dụng để tách chiết DNA tổng số bằng AccuRivesDNA/RNA Prep kit của KT Biotech. Trong 20µl thể tích phản ứng có chứa 1,25 µM mồi; 200MdNTP; 1× PCR buffer; 0,75 đơn vị Taq polymerase và DNA tổng số. PCR được tối ưu với việc xác địnhnhiệt độ gắn mồi và nồng độ DNA khuôn mẫu. Nồng độ DNA khuôn mẫu được thăm dò trong khoảng25-150 ng. Khoảng nhiệt độ gắn mồi được khảo sát là 55-64C đối với cặp mồi LEPF/LEPR và 52-58C đối với cặp mồi TGF/TGR. Kết quả cho thấy khoảng nhiệt độ gắn mồi phù hợp để khuếch đại genLEP bằng cặp mồi LEPF/LEPR là 58-62°C, tối ưu ở 62C. Trong khi đó, nhiệt độ gắn mồi cho sảnphẩm khuếch đại đặc hiệu khi sử dụng cặp mồi TGF/TGR trong khoảng 52-58oC, tối ưu ở 55C. Nồngđộ DNA tổng số phù hợp cho khuếch đại hai gen nói trên là 50-75 ng khi sử dụng nồng độ mồi mỗi loạilà 1,25 µM. Trong trường hợp cần sử dụng kỹ thuật multiplex PCR để khuếch đại đồng thời 2 gen LEPvà TG5, có thể tiến hành gắn mồi ở nhiệt độ 58oC.Từ khóa: Gen leptin, Gen thyroglobulin, Gốc lông, Tối ưu PCR OPTIMIZATION OF PCR CONDITIONS FOR AMPLIFYING THE INTRON 2 OF THE LEPTIN AND THE 5’UTR REGION OF THE THYROGLOBULIN GENES USING DNA EXTRACTED FROM HAIR ROOTS OF CATTLE Ho Le Quynh Chau*, Duong Thi Huong, Than Thi Thanh Tra, Dinh Van Dung, Nguyen Huu Van, Le Dinh Phung University of Agriculture and Forestry, Hue University ABSTRACT The intron 2 of the leptin gene (LEP) and the 5′ untranslated region (5 UTR) of the thyroglobulingene (TG5) are considered candidate genes for selecting traits related to beef yield and quality. Thisstudy was conducted to optimize the PCR conditions required to amplify the LEP and TG5 genes. TheAccuRive sDNA/RNA Prep kit was used to extract genomic DNA from hair roots of cattle.The reaction mixture of 20 μL final volume contained 1.25 µM primers, 200 M dNTP, 1× PCR buffer,0.75 unit Taq polymerase, and genomic DNA. PCR is optimized with the determination of primerannealing temperature and template DNA concentration. The investigated annealing temperature rangewas 55-64C for the LEPF/LEPR primers and 52-58C for the TGF/TGR primers. The optimalconcentration of template DNA was tested in the range of 25-150 ng. The results showed that thesuitable annealing temperature range for LEPF/LEPR and TGF/TGR primer pairs were 58-62°C and52-58oC, respectively. The optimal annealing temperature to amplify the LEP and TG5 genes was 62Cand 55C. The genomic DNA concentration of about 50–75 ng was essential to achieve thisamplification in the case using 1.25 µM of primers. The multiplex PCR for LEP and TG5 genes can beimplemented with annealing temperature of 58oC.Keywords: Leptin gene, Thyroglobulin gene, Hair root, PCR optimization4252 Hồ Lê Quỳnh Châu và cs.TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ NÔNG NGHIỆP ISSN 2588-1256 Tập 8(2)-2024: 4252-42581. MỞ ĐẦU trạng liên quan đến tổng hợp lipid ở bò Bos Phản ứng chuỗi polymerase taurus và Bos indicus (Casas và cs., 2005;(Polymerase Chain Reaction - PCR) là một van Eenennaam và cs., 2007; Anton và cs.,trong những kỹ thuật không thể thiếu trong 2011).sinh học phân tử để khuếch đại in vitro một Việc phát hiện đa hình các gen này cóđoạn DNA cụ thể với độ nhạy và độ chính thể được thực hiện thông qua kỹ thuật PCR-xác cao (Coleman và Tsongalis, 2006; RFLP hoặc giải trình tự gen trên các mẫuGaribyan và Avashi ...