Ứng dụng kỹ thuật Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa trong phân tích đột biến trên bệnh nhân mắc hội chứng Ohtahara

Bài viết Ứng dụng kỹ thuật Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa trong phân tích đột biến trên bệnh nhân mắc hội chứng Ohtahara tập trung vào đánh giá phương pháp và xây dựng quy trình WES, nghiên cứu này hạn chế ở số lượng bệnh nhân nhỏ (4 bệnh nhân), phương pháp nghiên cứu là cắt ngang mô tả kết hợp hồi cứu, chưa theo dõi và đánh giá được ảnh hưởng của kết quả xét nghiệm gen lên điều trị bệnh.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Ứng dụng kỹ thuật Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa trong phân tích đột biến trên bệnh nhân mắc hội chứng Ohtahara VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 38, No. 2 (2022) 83-91 Original Article Application of Whole Exome Sequencing in Mutational Analysis of Patients with Ohtahara Syndrome Nguyen Thi Quynh Mai1,3, Nguyen Le Trung Hieu2, Le Thi Khanh Van2, Nguyen Thuy Minh Thu2, Le Tran Anh Ngan2, Huynh Thi Dieu Hien1, Do Thi Thu Hang1,* 1 VNUHCM School of Medicine, Linh Trung, Thu Duc, Ho Chi Minh City, Vietnam 2 Children Hospital 2, 14 Ly Tu Trong, District 1, Ho Chi Minh City, Vietnam 3 VNUHCM University of Science, 227 Nguyen Van Cu, District 5, Ho Chi Minh City, Vietnam Received 26 June 2021 Revised 30 September 2021; Accepted 11 December 2021 Abstract: Ohtahara syndrome is one of the earliest and most severe forms of developmental and epileptic encephalopathy. Over the last decade, the rapid advances in molecular techniques, especially in high-throughput sequencing (HTS), have revealed that a majority of Ohtahara patients have genetic etiology. About 20 genes have been found to be related to this syndrome so far, and Next Generation Sequencing (NGS) technique is now an important genetic test for this syndrome. This study was conducted on 4 patients with Ohtahara syndrome referred to Children’s Hospital 2, Ho Chi Minh City. Whole-exome sequencing (WES) following targeted analysis on 283 epileptic encephalopathy–related genes was performed to identify disease-causing variants of the patients. Following multi-step bioinformatics analysis, trio-based Sanger sequencing confirmation, and variant classification according to standards of The American College of Medical Genetics and Genomics – 2015, we have identified 2 pathogenic mutations in 2 patients: OH3 (KCNQ2, c.868G>A, p.G290S) and OH4 (SCN2A, c.788C>T, p.A263V). The results of this study contribute to verifying the role of genetic factors in Ohtahara syndrome in Vietnamese patients. This study also confirms that NGS in general and WES, in particular, are reliable and useful in detecting genetic causes of Ohtahara syndrome, thereby, assisting in diagnosis and treatment of this syndrome. Keywords: Ohtahara syndrome, Whole Exome Sequencing, KCNQ2, SCN2A, epileptic encephalopathy.* ________ * Corresponding author. E-mail address: dtthang@medvnu.edu.vn https://doi.org/10.25073/2588-1132/vnumps.4347 83 84 N. T. Q. Mai et al. / VNU Journal of Science: Medical and Pharmaceutical Sciences, Vol. 38, No. 2 (2022) 83-91 Ứng dụng kỹ thuật Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa trong phân tích đột biến trên bệnh nhân mắc hội chứng Ohtahara Nguyễn Thị Quỳnh Mai1,3, Nguyễn Lê Trung Hiếu2, Lê Thị Khánh Vân2, Nguyễn Thụy Minh Thư2, Lê Trần Ánh Ngân2, Huỳnh Thị Diệu Hiền1, Đỗ Thị Thu Hằng1,* Khoa Y, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, 1 Linh Trung, Thủ Đức, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam 2 Bệnh viện Nhi Đồng 2, 14 Lý Tự Trọng, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam 3 Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh, 227 Nguyễn Văn Cừ, Quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam Nhận ngày 26 tháng 6 năm 2021 Chỉnh sửa ngày 30 tháng 9 năm 2021; Chấp nhận đăng ngày 11 tháng 12 năm 2021 Tóm tắt: Hội chứng Ohtahara là một trong những dạng sớm nhất và nặng nhất của bệnh não phát triển và động kinh. Trong thập kỷ qua, những tiến bộ nhanh chóng trong kỹ thuật phân tử, đặc biệt là trong giải trình tự thông lượng cao (High Throughput Sequencing - HTS) đã tiết lộ rằng phần lớn bệnh nhân Ohtahara có căn nguyên di truyền. Cho đến nay, khoảng 20 gen đã được tìm thấy có liên quan đến hội chứng này và kỹ thuật Giải trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing - NGS) hiện đang là một xét nghiệm di truyền quan trọng đối với hội chứng này. Nghiên cứu này được thực hiện trên 4 bệnh nhân mắc hội chứng Ohtahara được chuyển đến Bệnh viện Nhi đồng 2, Thành phố Hồ Chí Minh. Giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa (Whole Exome Sequencing – ...