Ứng dụng phần mềm tin sinh học bionumerics trong phân tích genotyp virus rubella

Phần mềm BioNumerics hiện được công nhận là phần mềm tin sinh học hiện đại với nhiều tính năng nổi bật. BioNumerics lần đầu tiên được áp dụng trong phân tích đặc điểm di truyền của chủng virus Rubella phân lập từ các dịch tại miền Nam Việt Nam trong năm 2007. Cây phát sinh loài của virus Rubella được dựng bởi phàn mềm BioNumerics dựa trên chuỗi ADN genom E1. So sánh với các genotyp chủng Rubella lưu hành tại các nước khác cho thấy chủng Rubella hoang dã đã lưu hành tại Việt Nam được xác địnhthuộc nhóm RGII - 2B. Genotyp Rubella Việt Nam có sự tương đồng cao nhất đạt 97-98% so với các genotyp đã công bố. Điều này cho thấy genotyp virus Rubella Việt Nam có sự thay đổi và khác biệt với các kiểu gen hiện lưu hành trên thế giới.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Ứng dụng phần mềm tin sinh học bionumerics trong phân tích genotyp virus rubellaLfNG DUNG PHAN MEM TIN SINH HOC BIONUMERICS TRONG PHAN TICHGENOTYP VIRUS RUBELLA H« Nguyen Hanh Phiic, Nguyen Thanh Long*, Tran Thi Nguyet Lan, Nguyen Thj Thu Thuy**, Nguyen Thai Bing, Nguyen Quoc Anh, Nguyen My Ha, Nguyen Manh Ha, Valeri Caro***, Sylvan Briss***, Vabret Asrid****, Francois Freymuth**** Vien Ve sinh Dich te Trung wffng, Hd Npi * Vien Pasteur thdnh pho Ho Chi Minh ** VNBIOLAB, Hd Npi. *** Vien Pasteur, Paris, Phdp CHU Caen, Phdp •K-KffK ITOM TAT Phin mem BioNumerlcs hien dugc cong nhan la phin mim tin sinh hpc hien dai vdi nhilu tinh nang noi bat. BioNumerlcs lln diu tien dugc ap dung trong phan tich dac dilm di truyin cua chung virus Rubella phan lap tir cac vu dich tai miln Nam VN trong nam 2007. Cay phat sinh loai cua virus Rubella dugc dung bdi phin mim BioNumerlcs dua tren chuli ADN genom El. So sanh vdi cac genotyp chung Rubella luu hanh tai cac nudc khac cho thiy chung Rubella hoang da luu hanh tai Viet Nam dugc xac dinh thupc nhom RGII - 2B. Genotyp Rubella Viet Nam co su tuong ding cao nhat dat 97-98% so vdi cac genotyp da cong b l . Dilu nay cho thay genotyp virus Rubella Viet Nam CO su thay doi va khac biet vdi cac kiiu gen hien luu hanh tren thi gidi. Tie khoa: Rubella, ADN genom El, genotyp RGII 2B, cay pha he, tin sinh hoc.I. DATVANDE phap nghien cuu ve xir ly cac thdng tin sinh hpc. Chuong trinh cho kha nang nhap, xir ly, Tin sinh hgc la mgt nganh khoa hgc mdi truy van, tham do, khai thac, tfch hgp mang vaphat trien dua tren su ket ndi giua Cdng nghe trao ddi nhieu loai du lieu khac nhau. [2],tin hpc va Sinh hpc. Nhung thanh tuu eiia Tin Trong nghien cuu nay, phan memsinh hpc da hd trg manh me trong viec dua Sinh BioNumerlcs lan dau tien dugc ung dung tronghpc, Y hpc vao giai quyet nhung cdng viec thuclien... Tin sinh hpc cdn la cdng cu huu fch trong phan tfch trinh tu ADN doan genom El eiia 10viec xir ly cac dir lieu thdng tin ve trinh tu ADN chiing virus Rubella phan lap tii cac vu dichciia cac bd gen, lap ban do phat sinh va phan bd tai mgt sd dia phuong mien Nam nam 2007.cac genotyp ciia cac loai vi sinh luu hanh theo Ket qua phan tfch nham muc dfch xac djnh dacviing dja ly va theo thai gian. [1]. tfnh di truyen eua cac genotyp chiing Rubella Phan mem ban quyen BioNumerlcs ciia hien dang luu hanh tai VN. Cac ky thuat phanHang Applied Maths (Bi) la tdng hgp cac giai loai phan tir nhanh chdng va tu ddng uu vietTac gia: Nguyin Hanh PhiicDja chi: Vien ve sinh djch te trung uong. So 1 Yersin, Ha npiDien thoai: 043.8683801 >;;>.„;•:,,:.Email: vnbiQlab(S)gmail.com „,.• .,,;;.,•.,;... Tap chi Y hpc du phdng. Tap XX, sd 7 (115) 95ciia phan mem BioNumerlcs giup de dang tao nhupm vdi edithium bromide.ra mpt lugng Idn du lieu tii cac ky thuat thu - Gidi trinh tu ADN San phim ADN vi-nghiein khac nhau, hd trg chfnh xac cho viec rus Rubella sau RT-PCR dugc linh sach theophan tfch ket qua ihiinghiem. phuong phap enzyme ExoSAP-IP ciia phdng Thf nghiem Sinh hgc phan tir CHU CaenII. PHUONG P H A P N G H I E N C U t J (Phap). Giai trinh tu ADN gen El virus Rubel- la dugc tien hanh vdi thi tfch 1-2 pi mau ADN2.L Vat lieu tinh sach, sir dung CEQ DTCS Quick start kit 10 mlu benh pham djch ngoay hgng theo thudng quy cua Phdng thi nghiem Chuando Phdng thf nghiem Hd hap Vien Pasteur TP. thuc Qudc gia Sdi Caen (Phap). Cap mdi xudiHCM thu thap tii cac vu djch Rubella d mgt va mdi ngugc sii dung cho RT-PCR dugc siisd dja phuong mien Nam VN nam 2007. ARN dung lam khudn mau cho giai trinh lu. Trinhvirus tach chiet tir nudi cay te bao Vero SLAM tu doan gen ADN 380 bp virus Rubella dugcgay nhiem benh pham dugc sii dung lam vat phan tfch va xac djnh bang cac chuong trinhlieu cho nghien eiru. tin hgc.2.2. Phuong phap - Phan tich genotyp chiing virus Ru- - Nhdn doan ADN genom Rubella bang bella bdng phdn mem Tin sinh hgc BioNu-RT-PCR. Genom virus Rubella la mgt chudi merlcsARN don am. Phan ung RT-PCR gdm hai Trinh tir nucleotit thd ban dau la dogiai doan chinh la phien ma ARN virus thanh thj cac sdng sac ky vdi 4 mau tuong ung vdiADNc nhd enzym phien ma ngugc va tdng hgp tirng ddNTP (A,C,T,G) thu dugc sau giai trinhADN. Doan ADN genom El dac hieu virus tu dugc XU ly va xac djnh bang phan memRubella dupe khuech dai, sii d ...