Đặc điểm phân tử chủng enterovirus 71 phân lập ở Đắk Lắk

Enterovirus 71 là tác nhân chính gây bệnh tay chân miệng và có thể gây ra các bệnh thần kinh nặng như viêm não và bại liệt. Nghiên cứu nhằm mô tả một số đặc điểm phân tử dựa trên trình tự vùng gen VP1 (891 nucleotide) từ 11 chủng Enterovirus 71 phân lập ở Đắk Lắk năm 2014.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đặc điểm phân tử chủng enterovirus 71 phân lập ở Đắk LắkTẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌCĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ CHỦNG ENTEROVIRUS 71PHÂN LẬP Ở ĐẮK LẮKLê Văn Tuấn, Nguyễn Thị Tuyết Vân, Nguyễn Hoàng Quân,Trần Lệ Thiên Hương, Trịnh Thị Hồng Hạnh, Phạm Thọ DượcViện Vệ sinh Dịch tễ Tây NguyênEnterovirus 71 là tác nhân chính gây bệnh tay chân miệng và có thể gây ra các bệnh thần kinh nặng nhưviêm não và bại liệt. Nghiên cứu nhằm mô tả một số đặc điểm phân tử dựa trên trình tự vùng gen VP1 (891nucleotide) từ 11 chủng Enterovirus 71 phân lập ở Đắk Lắk năm 2014. Kết quả cho thấy trình tự nucleotidevà acid amino vùng gen VP1 của chủng Enterovirus 71 trong nghiên cứu này có tỷ lệ tương đồng rất cao khiso sánh với các chủng Enterovirus 71 lưu hành trước đây ở Việt Nam, tỷ lệ tương đồng nucleotide từ 99,5 99,9% và acid amin từ 98,0 - 99,7%. Phân tích trình tự acid amin cho thấy các chủng Enterovirus 71 lưuhành ở Đắk Lắk xuất hiện đột biến tại các vị trí N31D; T79A; E98K; R121K; G145E; S241L và A289T. Kếtquả phân tích cây phả hệ cho thấy các chủng Enterovirus 71 trong nghiên cứu này thuộc kiểu gen B5 và cómối quan hệ gần với các chủng Enterovirus 71 lưu hành ở Hồ Chí Minh, An Giang và Hà Nội.Từ khoá: Bệnh tay chân miệng, Enterovirus 71, gen VP1, cây phả hệI. ĐẶT VẤN ĐỀBệnh tay chân miệng là bệnh truyền nhiễmcấp tính, lây truyền qua đường tiêu hóa domột nhóm virus đường ruột (enterovirus) gâynên. Enterovirus 71 có kích thước khoảng30nm, không có bao, gồm có một sợi đơndương RNA, có chiều dài 7,5kb. Bộ gen baogồm một khung đọc mở duy nhất, với vùngkhông mã hóa (UTR) tại đầu 5’ và 3’. Khungđọc mở (ORF) được phân chia thành 3 vùngDựa trên trình tự vùng gen VP1, Enterovirus71 được xác định có 4 nhóm gen A, B, C vàD. Trong đó, nhóm gen A và D chỉ có một kiểugen, nhóm gen B và C được chia thành 5 kiểugen từ B1 - B5 và C1 - C5 [1].Enterovirus 71 được phát hiện đầu tiên tạiCalifornia - Hoa Kỳ năm 1969 (nhóm gen A),cho đến nay Enterovirus 71 đã có những biếnđổi, phát sinh chủng mới với nhóm gen BP1 đến P3 và mã hóa cho một chuỗi proteingồm 2194 acid amin. Chuỗi protein được phân(gồm 5 kiểu gen từ B1 đến B5) và C (gồm 5cắt bởi protease sinh ra các protein cấu trúcvà không cấu trúc. Vùng P1 mã hóa cho cácquốc gia trong khu vực Châu Á Thái Bìnhprotein cấu trúc VP1 đến VP4. 60 đơn vị giốngNhật Bản, Singapore, Đài Loan và Việt Namnhau, mỗi đơn vị gồm 4 protein capsid, tạothành cấu trúc khối 20 mặt (icosahedral) được[3; 4].biết như là lớp vỏ capsid của vi rút. VP1, VP2và VP3 gồm từ 240 đến 290 acid amin [1; 2].Enterovirus 71 được phát hiện và phân lậpkiểu gen từ C1 đến C5) được phát hiện ở cácDương như: Trung Quốc, Malaysia, Thái Lan,Tại Việt Nam, bệnh tay chân miệng dođầu tiên vào năm 2003 tại thành phố Hồ ChíMinh với hơn 1.000 trẻ mắc, 20 trường hợp tửĐịa chỉ liên hệ: Lê Văn Tuấn, Viện Vệ sinh Dịch tễTây NguyênEmail: levantuan_tihe@yahoo.comNgày nhận: 24/1/2018Ngày được chấp thuận: 5/6/20188vong. Vụ dịch tay chân miệng tại thành phốHồ Chí Minh năm 2005 có 173 trẻ mắc bệnhvà 3 trường hợp tử vong [5]. Trong nhữngnăm từ 2008 - 2010, số ca mắc tay chânTCNCYH 112 (3) - 2018TẠP CHÍ NGHIÊN CỨU Y HỌCmiệng tại khu vực miền Nam trung bìnhkhoảng 10.500 ca/năm với số tử vong trungbình là 18 ca [6].Kết quả nghiên cứu gần đây của một sốtác giả cho thấy tác nhân Enterovirus 71 gâybệnh trong các vụ dịch tay chân miệng đã cósự thay đổi di truyền. Chủng có kiểu gen phụC4, C5 lưu hành gây dịch ở khu vực miềnNam và miền Bắc giai đoạn 2003 - 2012. Tuynhiên, có sự thay đổi kiểu gen phụ từ C4 sangB5 gây bệnh tay chân miệng ở cả hai miềnNam, Bắc giai đoạn 2013 - 2014 [7 - 10].2. Phương pháp- Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tảcắt ngang.- Kỹ thuật thực hiện:+ Tách chiết RNA: Chủng Enterovirus 71được tách chiết RNA virus bằng bộ sinh phẩmQIAGEN.+ Thực hiện phản ứng RT - PCR: RNAsau khi tách chiết sẽ thực hiện phản ứng RTPCR với cặp mồi đặc hiệu trên vùng gen VP1với cặp mồi 2349F và 3393R. Chu trình nhiệt:48oC/45 phút, 94oC/2 phút, lặp lại 35 chu kỳTại Đắk Lắk, bệnh tay chân miệng đã trởgồm 3 bước: 94oC/10 giây, 50oC/10 giây,thành dịch lưu hành, trong đó Enterovirus 7165oC/1 phút; tiếp theo 65oC/5 phút và giữ ởlà tác nhân gây bệnh trong giai đoạn từ 20114oC.đến 2014 và là tác nhân chính gây nhiều cabệnh nặng. Mỗi kiểu gen phụ của Enterovirus71 có độc lực khác nhau. Hiện nay, xu hướngthay đổi giữa các kiểu gen phụ của cácEnterovirus 71 gây bệnh tay chân miệng nặngvà tử vong là vấn đề cần được quan tâm. Cácnghiên cứu chỉ ra rằng các thời điểm thay đổikiểu gen phụ nổi trội của Enterovirus 71 tươngứng với những năm xảy ra nhiều ca mắc bệnhtay chân miệng ở nước ta (2005, 2011, 20132014) [9 - 10; 16]. Điều này có mối tươngquan giữa việc thay đổi kiểu gen phụ nổi trộicủa Enterovirus 71 với việc bùng phát dịchbệnh tay chân miệng vì trẻ em chưa có khángthể kháng kiểu gen phụ của virus đó. Mục tiêucủa nghiên ...