Giải mã hệ gen Canine distemper virus gây bệnh trên chó năm 2018

Bệnh Carre hay còn được gọi là bệnh sài sốt ở chó là một bệnh truyền nhiễm cấp tính do Canine Distemper Virus (CDV) gây ra. Đây là một virus RNA sợi đơn âm thuộc chi Morbillivirus, họ Paramyxoviridae với đặc trưng của bệnh là sốt cấp tính, rối loạn tiêu hóa, hô hấp và rối loạn hệ thần kinh, đặc biệt bệnh có tỷ lệ chết rất cao.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Giải mã hệ gen Canine distemper virus gây bệnh trên chó năm 2018Tạp chí Công nghệ Sinh học 18(3): 465-475, 2020GIẢI MÃ HỆ GEN CANINE DISTEMPER VIRUS GÂY BỆNH TRÊN CHÓ NĂM2018Đỗ Thị Roan1, Đỗ Đức Thành3, Đặng Thị Mai Lan3, Phạm Hồng Ngọc4, Nguyễn Hữu Đức4,Nguyễn Thị Khuê1,2, Nguyễn Thị Thu Hiền1, Lê Thị Kim Xuyến1,2, Lê Thanh Hòa1,2, Đoàn ThịThanh Hương1,2,1 Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam2 Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam3 Trường Đại học Nông Lâm Thái Nguyên4 Học viện Nông nghiệp Việt Nam Người chịu trách nhiệm liên lạc. E-mail: doantthuong74@gmail.com Ngày nhận bài: 26.4.2020 Ngày nhận đăng: 10.6.2020 TÓM TẮT Toàn bộ hệ gen của chủng virus gây bệnh Carre trên chó (Canine Distemper Virus) thu nhận tại Hà Nội năm 2018 (CDVHN5) đã được giải mã và phân tích phả hệ nguồn gốc. Hệ gen của chủng CDVHN5 có độ dài 15.690 nucleotide, mã hóa cho hai protein không cấu trúc (protein C và V) và 6 protein cấu trúc, gồm: large protein (L), haemagglutinin (H), phosphoprotein (P), nucleocapsid protein (N), fusion protein (F) và matrix protein (M). Trong thành phần hệ gen, Adenine (A) chiếm tỷ lệ cao nhất gồm 4.798 nucleotide (30,58%); tiếp theo là Thymine (T) gồm 4.177 nucleotide, chiếm 26,62%; Guanine (G) gồm 3.450 nucleotide, chiếm 21,70% và chiếm tỷ lệ thấp nhất là Cytosine (C) gồm 3.310 nucleotide (21,10%). Tỷ lệ G+C là 42,8% thấp hơn tỷ lệ A+T (57,2%). Kết quả so sánh về trình tự nucleotide cho thấy chủng CDVHN5 của Việt Nam có tỷ lệ tương đồng cao nhất (99,7%) với chủng virus cường độc thu nhận tại Thành phố Hồ Chí Minh năm 2014 (CDV/dog/HCM/33/140816), thuộc genotype Asia-1. Chủng CDVHN5 có tỷ lệ tương đồng thấp so với các chủng thuộc các genotype khác (92,4% đến 96%) trong đó thấp nhất với chủng virus vaccine Onderstepoort-US-2002 thuộc genotype America-1 và chủng virus CDV2784-IT-2013 thuộc genotype Arctic (92,4%). Kết quả phân tích phả hệ nguồn gốc cho thấy chủng CDVHN5 thuộc genotype Asia-1 cùng với các chủng của Trung Quốc, Đài Loan, Thái Lan và Hàn Quốc. Cho đến nay mới có duy nhất một hệ gen của CDV Thành phố Hồ Chí Minh công bố trên Ngân hàng gen. Do đó việc bổ sung thêm dữ liệu hệ gen của virus này tại Việt Nam là rất cần thiết. Từ khóa: Canine Distemper virus, genotype, hệ gen, PCR, phả hệMỞ ĐẦU (Nguyễn Như Pho, Võ Thị Trà An, 2003). Bệnh Carre được phát hiện lần đầu tiên ở Peru từ thế kỷ Bệnh Carre hay còn được gọi là bệnh sài sốt ở XVIII và sau đó lan ra toàn thế giới như Mỹ,chó là một bệnh truyền nhiễm cấp tính do Canine Argentina, Brazil, Mexico, Nam Phi và nhiềuDistemper Virus (CDV) gây ra. Đây là một virus nước Châu Âu. Ở Châu Á, bệnh được ghi nhậnRNA sợi đơn âm thuộc chi Morbillivirus, họ tại Trung Quốc (Zhao et al., 2010; Li et al.,Paramyxoviridae với đặc trưng của bệnh là sốt 2014), Nhật Bản (Lan et al., 2006), Tháicấp tính, rối loạn tiêu hóa, hô hấp và rối loạn hệ Lan (Piewbang et al., 2019), Hàn Quốc (Kimetthần kinh, đặc biệt bệnh có tỷ lệ chết rất cao al., 2018), Đài Loan (Liang et al., 2008) và Ấn 465 Đỗ Thị Roan et al.Độ (Swatiet al., 2015). Tại Việt Nam bệnh xảy Asia-4 (Piewbanget al.,2019). Các chủng CDVra tương đối phổ biến và là một trong những phân lập tại Ấn Độ tách riêng khỏi nhóm Asia-bệnh có tỷ lệ tử vong cao nhất ở chó (theo ghi 1, Asia-2 và gần gũi với các chủng của Thụynhận từ các phòng khám thú y). Điển, Hungary và Đức (Cheng et al., 2015). CDV được xác định genotype chủ yếu dựa Virus CDV được bao phủ bởi các gaivào phương pháp sinh học phân tử, giải mã và glycoprotein có kích thước 8-14 nm và chứaphân tích gen kháng nguyên H (Martella et al., một nucleocapsid đối xứng xoắn ốc, có chiều2006; Mochizuki et al.,1999). Có ít nhất 14 dài 1 μm và đường kính 18 nm. Hệ gen CDV làgenotype khác nhau của CDV đã được công bố, phân tử RNA sợi đơn âm, có kích thước khoảngbao gồm Asia-1, Asia-2, Asia-3, Asia-4, ~ 16 kb, chứa 6 gen cấu trúc và 2 gen không cấuEurope, European wildlife, Arctic-like, trúc (Hình 1). Trong đó gen mã hóa choRockborn-like, America-1, America-2, Africa, glycoprotein H và F giúp virus dễ dàng bámSouth America-1, South America-2 và South dính và phân giải màng tế bào chủ. Protein HAmerica-3 (Espinal et al., 2014; Guo et al., được biết đến như một kháng nguyên thường2013). Ở Châu Á, một số nghiên cứu cho thấy xuyên biến đổi và kháng thể của kháng nguyêncác chủng CDV của Trung Quốc, Nhật Bản này là yếu tố cần thiết để bảo vệ vật chủ khỏi sựthuộc về genotype Asia-1. Các chủng của Hàn xâm nhiễm của virus. Việc xác định genotypeQuốc thuộc về hai genotype Asia-1 và Asia-2 chủ yếu dựa vào giải mã và phân tích một phần(An et al., 2008). Ở Thái Lan, các chủng CDV hoặc toàn bộ gen H. Tuy nhiên để xác định mộtphân lập từ năm 2013 trở về trước thuộc cách chính xác nhất đặc tính phân tử của chủnggenotype Asia-1, tuy nhiên các chủng phân lập virus này cần phải giải mã toàn bộ hệ gentừ 2014 trở lại đây chủ yếu thuộc genotype (Piewbang et al., 2019).Hình 1. Mô hình cấu trúc của Canine Distemper Virus (CDV) (Nguồn: www.veteriankey.com). Cho đến nay có rất ít dữ liệu phân tử về mới có thêm một số công bố mới về virus nàyCDV tại Việt Nam. Công bố của Nguyen Thi ...