Luận văn : ĐỊNH DANH NẤM Trichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEF part 1

Ngày nay những vấn nạn về môi trường sinh thái, môi trường sống của conngười vật nuôi cũng như những vấn đề về an toàn thực phẩm và sức khoẻ cộng đồngngày càng được quan tâm nhiều hơn, khi mà những ca cấp cứu vì ngộ độc do ăn phảirau quả chứa dư lượng thuốc trừ sâu và thuốc kích thích sinh trưởng ngày một tănglên.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn : ĐỊNH DANH NẤM Trichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEF part 1 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ****0O0**** KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆPĐỊNH DANH NẤM Trichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEF Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa : 2002 – 2006 Sinh viên thực hiện : LẠI HÀ TỐ HOA Thành phố Hồ Chí Minh - Tháng 9/2006 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ****0O0**** ĐỊNH DANH NẤM Trichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEFGiáo viên hướng dẫn Sinh viên thực hiệnTS. LÊ ĐÌNH ĐÔN LẠI HÀ TỐ HOA Thành phố Hồ Chí Minh -Tháng 9/2006- Lời Cảm Ơn Em xin chân thành cảm ơn Ban giám hiệu cùng toàn thể các thầy,cô của trường Đại học Nông Lâm TP. HCM đã tận tình truyền đạt kiếnthức và kinh nghiệm trong suốt 4 năm qua. Đặc biệt TS. Lê Đình Đôn đãhướng dẫn và hỗ trợ cho em rất nhiều để hoàn thành tốt luận văn này. Em xin chân thành cảm ơn các anh, chị ở phòng Bảo Vệ Thực Vật(Phòng 118) khu Phượng Vỹ Trường Đại học Nông Lâm TP.HCM và cácanh chị ở Phòng Công Nghệ Sinh Học Động- Thực Vật - Trung Tâm PhânTích Thí Nghiệm Hoá – Sinh -Trường Đại học Nông Lâm TP.HCM đãgiúp đỡ và động viên em trong suốt khoá luận. Xin gởi lời cảm ơn đến gia đình, những người thân và bạn bè đãgiúp đỡ và động viên trong suốt thời gian học tập cũng như trong quátrình hoàn thành luận văn này. iii TÓM TẮTLẠI HÀ TỐ HOA, ĐH Nông Lâm TPHCM, Tháng 6-2006. “ĐỊNH DANH NẤMTrichoderma DỰA VÀO TRÌNH TỰ VÙNG ITS – rDNA VÀ VÙNG TEF”Tại phòng Bảo vệ thực vật, Khoa nông học trường Đại học Nông Lâm và trung tâmphân tích thí nghiệm – phòng Công nghệ sinh học Thực vật Đại học Nông Lâm –TP.HCM.Thời gian thực hiện đề tài: 20/2/2006 đến 5/2006.Giáo viên hường dẫn: TS. Lê Đình Đôn.Nội dung nghiên cứu: - Phục hồi các dòng nấm Trichoderma được phân lập từ những địa điểm khác nhau ở Việt Nam (10 mẫu), các mẫu này chỉ được định danh dựa vào hình thái học của các dòng nấm và những dòng Trichoderma của nước ngoài (10 mẫu) từ những ống nghiệm chứa bào tử. - Nhân sinh khối, thu sinh khối nấm. - Ly trích thu DNA. - Thực hiện phản ứng PCR khuếch đại vùng ITS1 – 5,8 – ITS2 bằng primer ITS4, ITS5 và khuếch đại vùng tef1 – tef2 bằng primer ElongR, ElongF của các dòng nấm Trichoderma . - Đọc trình tự sản phẩm PCR của dòng Trichoderma trên cả vùng khuếch đại bằng cặp primer ITS4, ITS5 và cặp primer Elong R, Elong F; so sánh với cơ sở dữ liệu (NCBI) để đánh giá mức độ tương đồng của vùng ITS1-5,8-ITS2 và vùng tef1 – tef2 từ đó xác định chính xác tên loài của từng dòng nấm.Kết quả đạt được: - Tất cả 20 dòng nấm Trichoderma của Việt Nam và nước ngoài đều phục hồi và thu được sinh khối cần cho ly trích DNA nhân sôi nấm. - Ly trích DNA tổng số. iv- Chạy PCR bằng cặp primer ITS4, ITS5 và cặp primer Elong R, Elong F trên 4dòng T.harzianum (T4), T.koningii (T6), T.asperellum (T19), Trichoderma spp. (2– 41 – 2) và dòng T.harzianum (GJS 00-39 – mẫu Trichoderma của nước ngoài đãđược định danh) dùng làm mẫu đối chứng- Tiến hành khuếch đại vùng rDNA – ITS và vùng Tef với 2 cặp primer: ITS1-ITS2 thu được sản phẩm khuếch đại có kích thước 670 bp (căn cứ trên thangladder), tương tự như trên đối với cặp primer: ElongR, ElongF thu được sản phẩmkhuếch đại có kích thước 260 bp (căn cứ trên thang ladder) trên 4 dòngTrichoderma của Việt Nam và 1 dòng đối chứng của nước ngoài Trichodermaharzianum.- Giải được trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 và vùng Tef của dòng Trichodermaharzianum (T4)- So sánh trình tự DNA vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 giữa dòng Trichoderma nghiêncứu với những dòng Trichoderma trên cơ sở dữ liệu NCBI và dựa vào phần mềmCLUSTALX. Khẳng định T4: Trichoderma asperellum. Kích thước của vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 là 54 5bp. Kích thước vùng Tef là 223bp. Trình tự nucleoted ở vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 của dòng Trichodermaasperellum (T4) của Việt Nam so với dòng Trichoderma asperellum có mức độtương đồng là 98%. Trình tự nucleoted ở vùng Tef1fw – Tef2rev của dòng Trichodermaasperellum (T4) của Việt Nam so với dòng Trichoderma asperellum có mức độtương đồng 98%. v MỤC LỤCTrang tựaLời cảm ơn................................................................................................................. ....... iiiTóm tắt .............................................................................................................................. ivMục lục .............................................................................................................................. viDanh sách chữ viết tắt ....................................................................................................... xDanh sách các bảng và hình ............................................................................................ xiPHẦN 1: GIỚI THIỆU VÀ TỔNG QUAN TÀI LIỆU1.1 Đặt vấn đề ................................................................................................................... 11.2 Mục đích nghiên cứu .................................................................................................. 21.3 Yêu cầu......................................................................................................................... 2PHẦN 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU2.1 Gi ...