Luận văn: Phát hiện và định lượng virus gây bệnh đốm trắng (WSSV) trên tôm sú (Penaeus monodon) bằng kỹ thuật Real - time PCR (part 3)

Hình 4.16 Đồ thị biểu diễn mối quan hệ giữa nồng độ huỳnh quang và số chu kỳ của 10 mẫu tôm thu thực tế tiếp theo Hình 4.16 thể hiện các đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang của 10 mẫu tôm thu thực tế vượt qua đường baseline subtracted, cho thấy 10 mẫu này đều dương tính với WSSV. Tất cả 10 mẫu này đều nhiễm WSSV nhẹ, thể hiện qua số chu kỳ ngưỡng lên khá muộn từ chu kỳ 34 đến 42. ...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Luận văn: Phát hiện và định lượng virus gây bệnh đốm trắng (WSSV) trên tôm sú (Penaeus monodon) bằng kỹ thuật Real - time PCR (part 3) 63thấp (2 bản sao). Độ lệch chuẩn số bản sao ban đầu của các mẫu thấp cho thấy khảnăng định lượng chính xác với độ lặp lại thí nghiệm cao. Kết quả kiểm tra 10 mẫu tôm thu từ thực tế khác qua Real - time PCR như sau: : 2 : 9 : 3 : 11 : 4 : 12 : 5 : 15 : 7 ▲: các chuẩn : đối chứng âm : 8 Hình 4.16 Đồ thị biểu diễn mối quan hệ giữa nồng độ huỳnh quang và số chu kỳ của 10 mẫu tôm thu thực tế tiếp theo Hình 4.16 thể hiện các đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang của 10 mẫu tôm thuthực tế vượt qua đường baseline subtracted, cho thấy 10 mẫu này đều dương tính vớiWSSV. Tất cả 10 mẫu này đều nhiễm WSSV nhẹ, thể hiện qua số chu kỳ ngưỡng lênkhá muộn từ chu kỳ 34 đến 42. Số lượng bản sao ban đầu của WSSV được định lượng dựa trên đường chuẩn ởHình 4.17. 64 Hình 4.17 Đồ thị biểu diễn đường chuẩn của 10 mẫu tôm thu thực tế tiếp theo Phản ứng Real - time PCR này hoạt động tốt thể hiện qua hiệu quả phản ứng Real -time PCR đạt khá cao: 90,5%. Log số bản sao ban đầu và chu kỳ ngưỡng tuyến tínhvới nhau qua hệ số tương quan r2 bằng 1. Số bản sao ban đầu của 10 mẫu tôm sú được thể hiện ở Bảng 4.9 sau: Bảng 4.9 Số bản sao ban đầu của 10 mẫu tôm thu thực tế tiếp theo Mẫu thực tế Chu kỳ ngưỡng Số bản sao ban đầu 2 38,46 1,19 1,25.101 3 34,82 4 37,11 2,84 2,48.10-1 5 40,90 7 38,38 1,25 8 35,69 7,10 9 36,21 5,08 11 36,94 3,18 1,71.10-1 12 41,47 15 36,79 3,49 Bảng 4.9 cho thấy các mẫu tôm này đều nhiễm WSSV ở mức độ rất nhẹ từ 1 đến13 bản sao. Chu kỳ ngưỡng của mẫu 3 lên sớm nhất: 34,82 tương ứng với số bản saocao nhất gần 13 bản sao. Các mẫu 5, 12 nhiễm WSSV rất nhẹ có chu kỳ ngưỡng lênkhá muộn (41, 42 chu kỳ) với số bản sao ban đầu chỉ 1 bản sao. Kết quả kiểm tra 10 mẫu tôm thu từ thực tế còn lại theo Hình 4.18. 65 : 16 : 27 : 17 : 28 : 19 : 29 : 20 : 30 : 21 ▲: các chuẩn : đối chứng âm : 24 Hình 4.18 Đồ thị biểu diễn mối quan hệ giữa nồng độ huỳnh quang và số chu kỳ của 10 mẫu tôm thu thực tế còn lại Hình 4.18 thể hiện các đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang của mẫu 16, 17, 24nằm dưới baseline subtracted cho thấy 3 mẫu âm tính với virus gây bệnh đốm trắng,các đường biểu diễn tín hiệu huỳnh quang của các mẫu 19, 20, 21, 27, 28, 29, 30 vượtqua đường baseline subtracted cho thấy 7 mẫu tôm này đều nhiễm WSSV. Các mẫudương tính này có chu kỳ ngưỡng lên khá muộn từ chu kỳ 35 đến 41. Số bản sao ban đầu của các mẫu tôm được định lượng qua đồ thị biểu diễn đườngchuẩn ở Hình 4.19. 66 Hình 4.19 Đồ thị biểu diễn đường chuẩn của 10 mẫu tôm thu thực tế còn lại Hiệu quả của phản ứng Real - time PCR đạt 90,5% thể hiện ở Hình 4.19. Hệ sốtương quan r2 bằng 1 chứng tỏ mối quan hệ giữa log số bản sao ban đầu và số chu kỳngưỡng rất tuyến tính với nhau theo phương trình Y = - 3,573 X + 38,745. Số chu kỳ ngưỡng và số bản sao ban đầu thể hiện ở Bảng 4.10. Bảng 4.10 Số chu kỳ ngưỡng và số bản sao ban đầu của 10 mẫu tôm thu thực tế còn lại Mẫu thực tế Chu kỳ ngưỡng Số bản sao 19 37,37 2,43 20 35,65 7,36 21 37,89 1,74 3,2.10-1 27 40,51 2,38.10-1 28 40,97 5,01.10-1 29 39,82 1,11.101 30 35,02 16 N/A N/A 17 N/A N/A 24 N/A N/A Bảng 4.10 thể hiện 7 mẫu 19, 20, 21, 27, 28, 29, 30 nhiễm WSSV từ rất nhẹ đếnnhẹ, với số bản sao tương ứng là 3, 8, 2, 1, 1, 1, 12. Các mẫu còn lại 16, 17, 24 cho kếtquả âm tính với WSSV. Từ kết quả kiểm tra qua Real - time PCR của 30 mẫu thực tế cho thấy có 22 trongsố 30 mẫu tôm thu từ thực tế bị nhiễm WSSV, chiếm tỷ lệ 73,33%, từ kết quả này cóthể cho thấy tỷ lệ nhiễm WSSV trên tôm nuôi thực tế là khá cao. Trong số 18 mẫu tômgiống thu từ hai tỉnh Bạc Liêu và Bến Tre, có 14/ 18 mẫu bị nhiễm WSSV, chiếm tỷ lệ77,77%. Theo Nguyễn Văn Hảo (2004), kết quả phân tích tỷ lệ tôm giống nhiễmWSSV b ...