Phân tích mối quan hệ di truyền của một số mẫu giống gấc (Momordica cochinchinensis (Lour.) Spreng) thu thập ở Việt Nam trên cơ sở trình tự vùng ITS

Bài viết trình bày việc phân tích mối quan hệ di truyền của một số mẫu giống gấc (Momordica cochinchinensis (Lour.) Spreng) thu thập ở Việt Nam trên cơ sở trình tự vùng ITS. Kết quả nghiên cứu sẽ làm cơ sở cho nghiên cứu tuyển chọn và phát triển giống gấc có năng suất, chất lượng cao ở Việt Nam.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Phân tích mối quan hệ di truyền của một số mẫu giống gấc (Momordica cochinchinensis (Lour.) Spreng) thu thập ở Việt Nam trên cơ sở trình tự vùng ITS KHOA HỌC CÔNG NGHỆ PHÂN TÍCH MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ MẪU GIỐNG GẤC (Momordica cochinchinensis (Lour.) Spreng) THU THẬP Ở VIỆT NAM TRÊN CƠ SỞ TRÌNH TỰ VÙNG ITS Phạm Hồng Minh1, Nguyễn Văn Khiêm1, Phạm Xuân Hội2 TÓM TẮT Trong nghiên cứu này, mối quan hệ di truyền của 40 mẫu giống gấc (Momordica cochinchinensis) thu thập từ 18 tỉnh/thành ở Việt Nam đã được đánh giá trên cơ sở trình tự vùng ITS. Vùng ITS dài 654 bp, có mức bao phủ 100% và tương đồng di truyền cao nhất từ 93,9 - 99,69% so với vùng ITS đã công bố trên GenBank với mã số AY606266. Kết quả phân tích cho thấy vùng biến đổi có 74/654 vị trí, chiếm 11,31% và vùng bảo tồn có 580/654, vị trí chiếm 88,69%. Gen 5.8S bảo tồn cao nhất với chỉ 5 vị trí sai khác, trong khi vùng ITS1 có 10 vị trí sai khác, vùng ITS2 có sự thay đổi nhiều nhất với 59 vị trí sai khác. Khoảng cách di truyền trong số 40 mẫu nghiên cứu dao động từ 0,0 - 0,076. Tổng cộng 40 mẫu giống gấc được chia làm 3 nhóm chính trên sơ đồ cây quan hệ di truyền. Kết quả nghiên cứu góp phần bảo tồn, chọn tạo giống và phát triển gấc ở Việt Nam. Từ khóa: Chỉ thị phân tử, gấc, Momordica cochinchinensis, ITS, PCR, quan hệ di truyền. 1. ĐẶT VẤN ĐỀ1 giống gấc thu thập từ một số tỉnh đồng bằng sông Mê Kông bằng chỉ thị RAPD [8]. Pham và cs (2018) Cây gấc (Momordica cochinchinensis (Lour.) đã đánh giá đa dạng di truyền một số mẫu giống gấc Spreng) có nguồn gốc Đông Nam Á và Nam Á [1]. thu thập ở một số tỉnh miền Nam bằng chỉ thị hình Hiện nay, gấc được trồng ở một số nước như thái và SSR [9]. Vùng ITS có kích thước ngắn, trình Bangladesh [2], Trung Quốc [3], Ấn Độ, Nepal, Thái tự bảo tồn khá cao, được sử dụng phổ biến cho các Lan, Lào, Campuchia và Úc [4]. Bootprom và cs nghiên cứu phân tử ở thực vật nhằm xác định mối (2015) cho rằng gấc trồng ở Việt Nam có năng suất quan hệ trong loài và giữa các loài gần gũi về nguồn và chất lượng cao nhất so với các nước khác. Gấc là gốc tiến hóa [10]. Cho đến nay, đã có nhiều nghiên nguồn cung cấp dược chất β-caroten, lycopen, tinh cứu về giải trình tự vùng ITS và xác định đa dạng di dầu để làm mỹ phẩm và thuốc [5]. truyền của các quần thể trong cùng loài, các loài Thông tin đa dạng di truyền nguồn gen có vai trò trong chi, trong họ ở thực vật, động vật, vi sinh vật. quan trọng trong công tác bảo tồn, chọn tạo giống Tuy nhiên, đến nay vẫn còn ít công bố về quan hệ di mới. Cho đến nay, đã có một số nghiên cứu trong và truyền trên cơ sở trình tự vùng ITS ở cây gấc. Bài báo ngoài nước về đa dạng di truyền nguồn gen gấc. Bùi này, thông báo kết quả đánh giá quan hệ di truyền Văn My Tin (2014) đã phân tích đa dạng di truyền của 40 mẫu giống gấc thu thập từ 18 tỉnh/thành ở của một số giống gấc ở đồng bằng sông Cửu Long Việt Nam trên cơ sở phân tích trình tự vùng ITS. Kết dựa trên trình tự vùng ITS (vùng phiên mã trong) và quả nghiên cứu sẽ làm cơ sở cho nghiên cứu tuyển gen matK, song chưa công bố trình tự các vùng gen chọn và phát triển giống gấc có năng suất, chất lượng này [6]. Nguyễn Thị Bạch Lan (2004) đã nghiên cứu cao ở Việt Nam. đa dạng di truyền của một số giống gấc (Momordica 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU cochinchinensis (Lour.) Spreng) thu thập tại các tỉnh miền Trung bằng chỉ thị RAPD [7]. Pham và cs 2.1. Vật liệu nghiên cứu (2017) đã phân tích đa dạng di truyền một số mẫu Tổng 40 mẫu giống (dòng) gấc được thu thập từ các vùng khác nhau ở nước ta (Bảng 1). Các mẫu 1 Viện Dược liệu giống gấc được nhận dạng thuộc loài Momordica 2 Viện Di truyền Nông nghiệp N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 1 - TH¸NG 8/2022 3 KHOA HỌC CÔNG NGHỆ cochinchinensis (Lour.) Spreng theo Phạm Hoàng tạo thành dòng gấc, sau đó trồng trên ruộng thí Hộ (1999) [11]. Mỗi mẫu giống được thu thập từ 1 nghiệm tại Thanh Trì, Hà Nội. cây chọn lọc, nhân giống vô tính bằng giâm hom để Bảng 1. Danh sách các mẫu giống gấc sử dụng trong nghiên cứu Tên Tên TT Nơi thu thập TT Nơi thu thập mẫu mẫu Thị trấn Bắc Hà, huyện Bắc Hà, tỉnh Xã Đông Ninh, huyện Khoái Châu, 1 LCA1 21 HY2 Lào Cai tỉnh Hưng ...