Thực hành Tin sinh học Kiểm tra sự khác biệt trong các trình tự tiến hóa - ThS. Nguyễn Thành Luân

Thực hành Tin sinh học Kiểm tra sự khác biệt trong các trình tự tiến hóa nhằm trình bày về triệu chứng sinh học, vấn đề sinh sinh học, giới thiệu cơ sở dữ liệu, các thao tác thực hành.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Thực hành Tin sinh học Kiểm tra sự khác biệt trong các trình tự tiến hóa - ThS. Nguyễn Thành LuânThực hành Tin sinh học KIỂM TRA SỰ KHÁC BIỆT TRONG CÁC TRÌNH TỰ TIẾN HÓA Bài thực hành Tin sinh học số 3 GV: ThS. Nguyễn Thành Luân luannt@cntp.edu.vn CÁC QUY ĐỊNH CHUNG TRONG THỜI GIAN THỰC HÀNH THỜI GIAN THỰC HÀNH VỚI MÁY KHÔNG LÀM BẤT KỲ CÔNG VIỆC RIÊNG NÀO VỚI MÁY TỰ LÀM VIỆC, THỜI GIAN KIỂM TRA THEO NHÓM HOẶC CÁ NHÂNThS. Nguyễn Thành Luân 1Thực hành Tin sinh học CÀI ĐẶT PHẦN MỀM  BioEdit  MEGA4  MỞ FILE THỰC HÀNH SỐ 03  Gen thực hành 03.rar VẤN ĐỀ - TRIỆU CHỨNG SINH HỌC  Một bệnh nhân được báo cáo tại 1 bệnh viện với sự phát triển khác thường ở mắt (ảnh).ThS. Nguyễn Thành Luân 2Thực hành Tin sinh học VẤN ĐỀ SINH HỌC  Các bác sĩ tiến hành phẫu thuật mắt và lấy ra 1 con ấu trùng trong cơ thể từ vết thương đó (ảnh dưới)  Mang đi giải mã trình tự GIỚI THIỆU CSDL BOLDSYSTEMS  BOLD = The Barcode of Life Database  Được thiết kế để hỗ trợ sự phát triển và ứng dụng của các CSDL Barcode DNA.  Nền tảng CSDL bao gồm 3 phần chính: 1 cổng nhập liệu CSDL, 1 hệ thống máy chủ CSDL barcode và khu vực chọn lọc CSDL  BOLD được mở rộng miễn phí cho bất kỳ nhà nghiên cứu nào đam mê trong lĩnh vực DNA BarcodingThS. Nguyễn Thành Luân 3Thực hành Tin sinh học Giới thiệu Barcode Of Life Database (BOLD)  Chứa trên 800,000 trình tự barcode (2010)  Được đóng góp bởi nhiều nhà khoa học và nghiên cứu viên trên toàn thế giới.  DNA được tách chiết từ cơ thể SV, phóng đại gen COI sau đó giải mã trình tự gen.  Trình tự sau đó được đưa vào BOLD kết hợp với tên loài phù hợp với mã barcode đã được giải mã. THAO TÁC THỰC HÀNH  Để xác định loài chưa biết tên đó, vào trang web (http://www.boldsystems.org)  Click vào mục “Identification”  Dán đoạn trình tự GEN THỰC HÀNH SỐ 03 vào mục textbox của Animal Identification (COI).  Click vào mục “Submit”. Sau đó, chờ cho việc phân tích hoàn tất, bạn sẽ được dẫn đến 1 trang mới với danh sách các loài, phân loại của loài đó và tỷ lệ tương đồng với những loài khác.ThS. Nguyễn Thành Luân 4Thực hành Tin sinh học Giao diện BOLDSYSTEMS Di chuyển xuống dưới và Dán trình tự ở dạng .fasta  SUBMIT Nguồn: Ratnasingham, S. & Hebert, P. D. N. (2007). BOLD: The Barcode of Life Data System (www.barcodinglife.org). Molecular Ecology Notes 7, 355- 364. DOI: 10.1111/j.1471-8286.2006.01678. TRẢ LỜI CÂU HỎI  Tên loài nào tương đồng nhất với loài được giải trình tự? ...