XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis)

Sự phát triển của ngành công nghệ thông tin trong những thập kỷ qua đã góp phần cải thiện chất lượng cuộc sống con người. Máy tính đã có mặt trong hầu hết các ngành khoa học, hỗ trợ con người giải quyết những công việc khó khăn và nhiều thời gian. Công nghệ sinh học được xem là ngành khoa học mũi nhọn của thế kỷ XXI. Với sự ra đời của kỹ thuật giải trình tự, nhiều bộ gene của sinh vật đã được giải mã, tạo ra một lượng dữ liệu sinh học khổng lồ. Điều này...
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** LÊ VĂN TÁM XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23SRIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn kỹ sư Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Thành phố Hồ Chí Minh -2006- BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** XÂY DỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23SRIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN – ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃO MỦ (Bacterial Meningitis) Luận văn Kỹ sư Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Giáo viên hướng dẫn Sinh viên thực hiện TS. TRẦN THỊ DUNG LÊ VĂN TÁM LƢU PHÚC LỢI Thành phố Hồ Chí Minh -2006- MINISTRY OF EDUCATION AND TRAINING NONG LAM UNIVERSITY, HCMC DEPARTMENT OF BIOTECHNOLOGY ************CONSTRUCT DATABASE OF 16S AND 23S RIBOSAMAL RNA GENE IN BACTERIA – APPLICATION THE DATABASE FOR DETECTION BACTERIAL MENINGITIS Graduation thesis Major: Biotechnology Professor Student Ph.D. TRAN THI DUNG LE VAN TAM LUU PHUC LOI Ho Chi Minh City -2006- LỜI CẢM ƠNTôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến: Ban Giám hiệu trường Đại học Nông Lâm thành phố Hồ Chí Minh, Ban chủ nhiệm Bộ môn Công nghệ Sinh học, cùng tất cả quý thầy cô đã truyền đạt kiến thức cho tôi trong suốt quá trình học tại trường. TS. Trần Thị Dung và Cử Nhân Lưu Phúc Lợi đã tận tình hướng dẫn, giúp đỡ tôi trong thời gian làm khóa luận tốt nghiệp. Xin gởi lời cảm ơn đến tập thể lớp Công Nghệ Sinh Học K28 đã động viên, giúp đỡ và luôn ở bên cạnh tôi trong những lúc vui buồn. Cha mẹ kính yêu đã nuôi nấng, dạy dỗ và động viên để con có thể đạt được thành quả như ngày hôm nay. Thành phố Hồ Chí Minh, ngày…tháng…năm 2006 Sinh viên LÊ VĂN TÁM iii TÓM TẮT KHÓA LUẬNLÊ VĂN TÁM, Đại học Nông Lâm TP. Hồ Chí Minh. Tháng 8/2006. “XÂYDỰNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VI KHUẨN– ỨNG DỤNG CƠ SỞ DỮ LIỆU HAI GENE 16S VÀ 23S RIBOSOM RNA Ở VIKHUẨN ĐỂ PHÁT HIỆN CÁC TÁC NHÂN GÂY BỆNH VIÊM MÀNG NÃOMỦ (Bacterial Meningitidis)” Hội đồng hướng dẫn: – TS. Trần Thị Dung – Cử nhân Lưu Phúc Lợi Khóa luận được thực hiện tại bộ môn Công Nghệ Sinh Học - Trường Đại HọcNông Lâm TP. Hồ Chí Minh, từ tháng 1/2006 đến 8/2006. Với sự phát triển của kỹ thuật sinh học phân tử, một số lượng lớn các gene 16Svà 23S rRNA đã được giải trình tự. Những trình tự gene này được lưu trữ trong CSDLsinh học lớn như NCBI, EMBL, DDBj…Vì các CSDL này quá lớn và chứa rất nhiềuthông tin khác nhau, không tập trung cho một đối tượng cụ thể nên khó có thể thựchiện việc truy xuất các thông tin phục vụ trực tiếp cho một nghiên cứu chuyên biệt. Dovậy, mục tiêu của đề tài là tiến hành xây dựng cơ sở dữ liệu hai gene 16S và 23S rRNAở vi khuẩn và ứng dụng CSDL này để phát hiện các loài vi khuẩn gây bệnh viêm màngnão mủ. Để đạt được mục tiêu trên, khóa luận cần đảm bảo thực hiện những nội dung nhưsau: Dùng Perl script để thu nhận các mẫu tin của hai gene từ trang CSDL GenBank (CSDL nucleotide của NCBI). Tiếp tục sử dụng Perl script tách các mẫu tin thu nhận được thành từng phần riêng biệt như accession number (mã số truy cập), gi, definition, sequence (trình tự của gene)… Thiết kế CSDL dựa vào mô hình dữ liệu quan hệ. Dùng Perl script để chuyển tự động các thông tin tách được ở bước trên vào CSDL. Sử dụng giao thức CGI kết hợp với ngôn ngữ lập trình Perl để thiết kế trang web CSDL về hai gene 16S và 23S rRNA ở các loài vi khuẩn. iv Sử dụng trình tự của hai gene 16S và 23S rRNA trong CSDL để thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện và phân biệt các tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ.Đề tài đã đạt được những kết quả như sau: Đã thu thập được 2825 mẫu tin về gene 16S rRNA và 305 mẫu tin về gene 23S rRNA từ cơ sở dữ liệu GenBank (NCBI). Tạo được CSDL của hai gene 16S và 23S rRNA tích hợp với web. Trang web CSDL của hai gene và gồm có 5 trang chính: HOME, SEARCH, TOOL, LINK, ABOUT. Từ các trang web này, người sử dụng có thể truy xuất thông tin, tìm kiếm trình tự, so sánh một trình tự quan tâm với các trình tự trong CSDL (alignment, BLAST)… Ngoài ra, những trang web chính này còn kết nối đến những trang phụ khác để cung cấp các tiện ích cho người dùng. Thiết kế mồi cho phản ứng PCR phát hiện các tác nhân gây bệnh viêm màng não mủ bằng chương trình thiết kế mồi Primrose. v MỤC LỤCNội dung ...