Quy trình giải trình tự Sanger chẩn đoán các biến thể đa hình đơn Nucleotide trên gen CLDN-1 liên quan đến bệnh viêm da cơ địa

Bài viết Quy trình giải trình tự Sanger chẩn đoán các biến thể đa hình đơn Nucleotide trên gen CLDN-1 liên quan đến bệnh viêm da cơ địa trình bày việc xây dựng quy trình giải trình tự Sanger và khảo sát bốn biến thể rs17501010, rs9290927, rs9290929 và rs893051 trên gen CLDN-1 liên quan đến viêm da cơ địa.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Quy trình giải trình tự Sanger chẩn đoán các biến thể đa hình đơn Nucleotide trên gen CLDN-1 liên quan đến bệnh viêm da cơ địaLê Dương Hoàng Huy. Tạp chí Y Dược học Phạm Ngọc Thạch. 2023; 2(1): 71-80 Nghiên cứu Tạp chí Y Dược học Phạm Ngọc ThạchQuy trình giải trình tự Sanger chẩn đoán các biến thể đahình đơn Nucleotide trên gen CLDN-1 liên quan đến bệnhviêm da cơ địaLê Dương Hoàng Huy1,2, Nguyễn Đoàn Huỳnh Anh Phúc1, Nguyễn Hữu Ngọc Tuấn1,31 Bộ môn Hóa Sinh - Sinh Học Phân Tử Y Học, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch2 Trung Tâm Nghiên Cứu Y Sinh - Đơn vị Dịch Vụ, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch3 Trung Tâm Nghiên Cứu Y Sinh - Đơn vị Phân Tử, Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch Tóm tắt Giới thiệu: Tổn thương hàng rào bảo vệ da trong viêm da cơ địa (VDCĐ) có liên quan đến yếu tố di truyền, trong đó các biến thể đa hình đơn nucleotide (SNP) trên gen CLDN-1 mã hóa protein claudin-1 được mô tả có liên quan đến bệnh sinh của VDCĐ. Việc xác định chính xác các biến thể này góp phần thực hiện các nghiên cứu nhằm nâng cao hiệu quả quản lý bệnh nhân VDCĐ, trong đó kỹ thuật giải trình tự Sanger được xem là tiêu chuẩn vàng trong xác định các biến thể. Mục tiêu: Xây dựng quy trình giải trình tự Sanger và khảo sát bốn biến thể rs17501010, rs9290927, rs9290929 và rs893051 trên gen CLDN-1 liên quan đến VDCĐ. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: Thiết kế 4 cặp đoạn mồi đặc hiệu cho các biến thể, tối ưu hóa nhiệt độ bắt cặp của phản ứng PCR đa mồi chứa cả 4 biến thể và tối ưu hóa phản ứng giải trình tự Sanger trên hệ thống Applied Biosystems 3500 Series Genetic Analyzer của hãng Thermo Fishser. Áp dụng toàn bộ quy trình giải trình tự Sanger đã tối ưu lên 12 mẫu máu của bệnh nhân VDCĐ nhằm đánh giá thông số kỹ thuật và đặc điểm của các biến thể. Kết quả: Xây dựng thành công quy trình giải trình tự Sanger bao gồm: thiết kế được bốn cặp đoạn mồi khuếch đại đặt hiệu bốn biến thể quan tâm, tối ưu hóa được nồng độ DNA, primer và chu trình nhiệt của phản ứng PCR đa mồi chứa bốn biến thể quan tâm, tối ưu hóa nồng độ DNA đầu vào của phản ứng giải trình tự. Khảo sát được 12/12 mẫu DNA từ bệnh nhân VDCĐ với tất cả kết quả giải trình tự có vị trí nucleotide nằm trong vùng QVB cao. Kết luận: Quy trình có thể đưa vào ứng dụng để xác định biến thể đa hình đơn nucleotide. Đồng thời là các kết quả bước đầu, hứa hẹn ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử để khảo sát các đặc điểm di truyền ở bệnh viêm da cơ địa. Từ đó đưa ra các chiến lược phù hợp để tiếp cận và quản lý bệnh VDCĐ ở Việt Nam.Ngày nhận bài:20/11/2022 Từ khóa: Giải trình tự Sanger, bệnh viêm da cơ địa, CLDN-1, protein claudin-1.Ngày phản biện:20/12/2022 AbstractNgày đăng bài: Sanger sequencing process of single nucleotide polymorphisms20/01/2023 variants in CLDN-1 genes associated with atopic dermatitisTác giả liên hệ:Lê Dương Hoàng HuyEmail: huyldh@pnt. Introduction: Damage to the skin barrier in atopic dermatitis (AD) is related toedu.vn genetic factors, in which a single nucleotide polymorphism (SNP) variant on theĐT: 0783639199 gene CLDN-1 encoding the claudin-1 protein has been described as having related 71Lê Dương Hoàng Huy. Tạp chí Y Dược học Phạm Ngọc Thạch. 2023; 2(1): 71-80 to the pathogenesis of AD. Accurate identification of these variants contributes to the implementation of studies to improve the management of patients with AD, in which Sanger sequencing is considered the gold standard in identifying variants. Objective: Develop Sanger sequencing and investigate variants rs17501010, rs9290927, rs893051 and rs9290929 on related CLDN-1 gene relatedatopic dermatitis. Materials and methods: Design 4 pairs of primers specific for variants, optimize the pairing temperature of multiplex PCR containing all 4 variants, and optimize Sanger sequencing on Applied Biosystems 3500 Series Genetic Analyze ...