Tám gen mới được phát hiện ở hai chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm trùng hô hấp ở Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất, Đồng Nai

Acinetobacter baumannii là tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện quan trọng với khả năng phát triển một loạt các cơ chế kháng đa thuốc khác nhau. Mục tiêu nghiên cứu này, chúng tôi giải mã hệ gen chủng A. baumannii DMS06669, được phân lập từ bệnh phẩm đờm của một nam bệnh nhân bị viêm phổi bệnh viện và nghiên cứu tập trung vào việc xác định các gen liên quan tới sự đề kháng kháng sinh.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Tám gen mới được phát hiện ở hai chủng Acinetobacter baumannii gây nhiễm trùng hô hấp ở Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất, Đồng NaiCHUYÊN ĐỀ HÔ HẤP THỰC HÀNH TÁM GEN MỚI ĐƯỢC PHÁT HIỆN Ở HAI CHỦNGACINETOBACTER BAUMANNII GÂY NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP Ở BỆNH VIỆN ĐA KHOA THỐNG NHẤT, ĐỒNG NAI Nguyễn Sĩ Tuấn* và Phạm Hùng Vân**TÓM TẮT Objective: In this study, we characterized the Mở đầu: Acinetobacter baumannii là tác nhân genome of A. baumannii DMS06669 strain, whichgây nhiễm khuẩn bệnh viện quan trọng với khả năng was isolated from the phlegm specimen of a malephát triển một loạt các cơ chế kháng đa thuốc khác patient with hospital acquired pneumonia andnhau. Mục tiêu nghiên cứu này, chúng tôi giải mã focused on identification of genes relevant tohệ gen chủng A. baumannii DMS06669, được phân antibiotic resistance.lập từ bệnh phẩm đờm của một nam bệnh nhân bị Method: The A. baumannii DMS0669 genomeviêm phổi bệnh viện và nghiên cứu tập trung vào was sequenced on Illumina HiSeq platform, qualityviệc xác định các gen liên quan tới sự đề kháng controlled, and de novo assembled to produce akháng sinh. total of 24 scaffolds, following gene prediction and Phương pháp: Hệ gen A. baumannii functional annotation to public databases such asDMS06669 được giải mã bằng Illumina HiSeq tRNAscan-SE, RNAmmer, Tandem Repeat Finder,platform, chất lượng được kiểm soát và việc lắp ráp CRISPR Finder, IS Finder and COG, then thede novo cho tổng cộng 24 scaffold, dự đoán gen và phylogeny tree of DMS06669 strain with 21 other A.chú giải chức năng tiếp theo với các dữ liệu trên thế baumannii strains on KEGG database wasgiới như tRNAscan-SE, RNAmmer, Tandem constructed.Repeat Finder, CRISPR Finder, IS Finder và COG, Results: The identification of potential antibioticsau đó cây phát sinh loài của chủng A. baumannii resistance genes was conducted on ResFinderDMS06669 so với 21 chủng A. baumannii trên dữ yielding 18 genes (with 8 genes have never reportedliệu KEGG được xây dựng. before in A. baumannii) related to the resistance of Kết quả: Việc xác định các gen kháng kháng 8 antibiotic class.sinh tiềm năng được tiến hành trên ResFinder cho Conclusion: This study points out that thethấy có 18 gen (với 8 gen chưa từng được ghi nhận diverse possible mechanism of antibiotic resistance,ở Acinetobacter baumannii) có liên quan tới sự đề existing in A. baumannii DMS06669 strain andkháng 8 lớp kháng sinh. provide a clinical advice for the therapy of A. Kết luận: Các kết quả được thiết lập trong baumannii infected patients.nghiên cứu của chúng tôi đã chỉ ra rằng cơ chế đề Keywords: Acinetobacter baumanniikháng kháng sinh đa dạng, có thể tồn tại ở chủng DMS06669, clinical multidrug-resistant,A. baumannii DMS06669 và khuyến cáo lâm sàng carbapenem, whole-genome sequencing.cho liệu pháp với các bệnh nhân nhiễm A.baumannii. ĐẶT VẤN ĐỀ Từ khóa: Acinetobacter baumannii, đa kháng Acinetobacter baumannii (A. baumannii) đãlâm sàng, carbapenem, giải trình tự hệ gen, và đang được phát hiện trên khắp thế giới nhưDMS06669 là một tác nhân gây bệnh truyền nhiễm chủ yếuSUMMARY vì loài này có thể thích nghi mạnh mẽ với môi EIGHT NOVEL GENES IDENTIFIED AT trường và khả năng thiết lập sự đề kháng cao ACINETOBACTER BAUMANNII CAUSED với một số thuốc (đa thuốc).1-3 RESPIRATORY INFECTION IN THONGNHAT Acinetobacter baumannii chiếm khoảng 2– DONGNAI GENERAL HOSPITAL 10% các nhiễm trùng do vi khuẩn Gram âm ở Background: Acinetobacter baumannii is animportant nosocomial pathogen with ability to khoa Hồi sức Tích cực (ICU) và làm tăng tỷ lệdevelop a variety of multidrug resistance tử vong của các bệnh nhân mắc bệnh.4,5mechanisms. Tuy nhiên, sự phát triển khả năng đề kháng đa thuốc ở A. baumannii, đặc biệt là kháng* Trưởng khoa Vi sinh, Bệnh viện Đa khoa Thống Nhất Đồng Nai, tỉnh Đồng Nai. Email: nsituan@gmail.com; carbapenem, đã trở thành một vấn đề của thế ...