Xây dựng dữ liệu tiêu bản ADN của một số nguồn gen chuối bản địa bằng chỉ thị SSR và ScoT

Bài viết Xây dựng dữ liệu tiêu bản ADN của một số nguồn gen chuối bản địa bằng chỉ thị SSR và ScoT trình bày lập tiêu bản ADN của 12 giống chuối bản địa bằng chỉ thị SSR; Lập tiêu bản ADN của 12 giống chuối bản địa bằng chỉ thị SCoT.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng dữ liệu tiêu bản ADN của một số nguồn gen chuối bản địa bằng chỉ thị SSR và ScoTTạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số 3(64)/2016 XÂY DỰNG DỮ LIỆU TIÊU BẢN ADN CỦA MỘT SỐ NGUỒN GEN CHUỐI BẢN ĐỊA BẰNG CHỈ THỊ SSR VÀ SCOT Nguyễn ị Lan Hoa1, Nguyễn ị anh ủy2 TÓM TẮT Chỉ thị ADN là công cụ hữu hiệu đóng vai trò quan trọng trong việc nhận dạng nguồn gen cũng như các giốngcây trồng. Nghiên cứu sử dụng 46 chỉ thị SCoT và 13 chỉ thị genic-SSR là các chỉ thị PCR-based để xây dựng tiêubản ADN của 12 giống chuối bản địa. Kết quả phân tích đa hình với chỉ thị SCoT thu được 29/46 mồi cho đa hìnhgiữa các nguồn gen chuối nghiên cứu, tổng cộng thu được 267 băng đa hình. Kích thước sản phẩm khuếch đại trongkhoảng từ 200-2000bp. Trong đó, 8 mồi ScoT khuếch đại được 10 băng đặc trưng giúp nhận dạng 4 nguồn gen ChuốiTây anh Hóa, Chuối Hột, Chuối Trăm nải, chuối Gáo. Mười trong tổng số 13 chỉ thị genic-SSR cho đa hình và đãđược sử dụng thành công để lập tiêu bản ADN của các nguồn gen chuối nghiên cứu, kết quả thu được 64 alen từ 10chỉ thị, 6 chỉ thị khuếch đại được 13 alen hiếm của 6 mẫu giống trong tập đoàn nghiên cứu. Kết quả này cung cấpthêm những thông tin cần thiết cho việc quản lý, nhận dạng, cũng như công tác chọn tạo giống chuối tại Việt Nam. Từ khóa: Cây chuối, tiêu bản ADN, chỉ thị ScoT, chỉ thị SSRI. ĐẶT VẤN ĐỀ (genic-SRR) đã được phát triển và sử dụng hiệu quả Chuối là loại cây ăn quả nhiệt đới quan trọng hơn trong nghiên cứu đa dạng và chọn giống chuối.nhất, đứng thứ tư trên thế giới về giá trị xuất khẩu Cùng với chỉ thị SSR, cũng trong các vùng mã hóa,chỉ sau gạo, bột mỳ và sữa. Nước ta nằm trong vùng thế hệ chỉ thị mới SCoT (Start Codon Targeted)xuất xứ đa dạng của nguồn gen chuối, gồm chuối mới đã ra đời dựa trên phản ứng PCR khuếch đạitrồng và dạng hoang dại với số lượng các giống các trình tự bảo thủ chứa bộ ba mở đầu ATG củachuối đa dạng đủ 8 dạng kiểu gen (loài) và nhiều các gen có ưu điểm như đơn giản, tỷ lệ đa hình cao,dạng khác vẫn chưa nhận diện được kiểu phân loại. chi phí thấp, liên quan trực tiếp tới vùng mã hóaCác giống chuối khó được nhận diện phân loại do nên gần đây chỉ thị này đã được phát triển rộngchuối có hệ gen rất phức tạp; kiểu hình biến động rãi trên một số cây trồng ăn quả quan trọng nhưlớn bởi môi trường nên khó áp dụng hệ thống phân nhãn (Chen và cs., 2010), xoài (Luo và cs., 2011)…loại hình thái. Đa phần các giống chỉ được biết đến Do hiệu quả và mức độ sẵn sàng của hai loại chỉbởi tên gọi địa phương chứ chưa được gọi bằng tên thị này, trong nghiên cứu này, đã sử dụng hai loạikhoa học chính xác. Đây là một trở ngại trong công chỉ thị EST-SSR và SCoT cho công tác lập tiêu bảntác phân loại để quản lý nguồn gen chuối nước ta. ADN cho 12 nguồn gen chuối bản địa Việt Nam. Ngày nay, mặc dù tiến trình chọn giống của II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨUchuối bị hạn chế do hệ gen phức tạp và cách thứcnhân giống và canh tác chuối đa bội, càng nhiều 2.1. Vật liệu nghiên cứukỹ thuật phân tử và tế bào được ứng dụng trong - Nguồn gen: 12 mẫu giống chuối bản địachọn tạo giống chuối. Sử dụng chỉ thi phân tử trong được lưu giữ tại Viện khoa học kỹ thuật Nông-Lâmđánh giá nguồn gen và phân tích quần thể có vai nghiệp Miền núi phía Bắc. ông tin thu thập vàtrò đầy hứa hẹn trong cải tiến hiệu quả các chương tham khảo về các giống chuối được ghi nhận trongtrình chọn giống chuối. Những kỹ thuật phân tích Bảng 1.mới hơndựa trên polyphenol, isozym, chỉ thị phân Các chỉ thị phân tửtử ADN lục lạp, ADN nhân: RFLP, RAPD, AFLP, - 13 chỉ thị genic-SSR nằm trên 11 NST củaSTMS, IRAP, DArT, rRNA, SEAP cũng đã được sử chuối thiết kế trong vùng coding protein liên quandụng để giúp củng cố kết quả trong các nghiên cứu đến sự hình thành tính kháng điều kiện bất thuận ởđa dạng phục vụ mục tiêu chọn giống chuối. cây trồng theo 2 cơ chế: bảo vệ (defence) và kháng Với sự phát triển mạnh của việc nghiên cứu (resistance), dựa trên các trình tự transcriptom củagenome, việc thiết kế những chỉ thị khuếch đại các 2 hệ gen lưỡng bội M. acuminata, M. balnisiana vàvùng gen lặp nằm gần hoặc trong vùng gen mã hóa tam bội M. acuminata Cavendish (Passo MA, 2013)1 Trung tâm Tài nguyên thực vật; 2 Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn18 Tạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số 3(64)/2016 Bảng 1. Danh sách 12 giống chuối sử dụng trong nghiên cứu Tên tiếng No ID1 ID2 ID3 Tên giống Địa phương Nhóm Nguồn anh 1 001122 GBVNML1.30 B1 Chuối Goong Việt Trì Latundan AAB Valmayor (2002) 2 GBVNML.1.10 B2 Chuối tiêu hồng Lý Nhân AAA PRC-Vietnam 3 001047 GBVNML.1.11 B3 Chuối Tiêu Xanh Lý Nhân Tudok AAA Valmayor (2002) 4 001158 GBVNML.1.32 B4 Chuối Trăm Nải Sầm Sơn Ternate AAB Valmayor (2002) 5 00926 GBVNML.1.3 B5 Chuối Ngự Tiền Lý Nhân Bata-bata AA Valmayor (2002) 6 001206 GBVNML.1.28 B6 Ch ...