Xây dựng đường chuẩn để định lượng nồng độ Long non-coding RNA IFI6lnc2 và EPB41L4A-AS1 bằng phương pháp real-time PCR

Bài viết trình bày xây dựng đường chuẩn để định lượng nồng độ lncRNA IFI6lnc2 và EPB41L4A-AS1 bằng phương pháp real-time PCR. Phương pháp nghiên cứu: Sử dụng phương pháp real-time PCR định lượng tuyệt đối để xây dựng đường chuẩn dựa trên các mẫu chuẩn có nguồn gốc từ các plasmid tái tổ hợp chứa gen mã hóa cho lncRNA IFI6lnc2 và EPB41L4A-AS1.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Xây dựng đường chuẩn để định lượng nồng độ Long non-coding RNA IFI6lnc2 và EPB41L4A-AS1 bằng phương pháp real-time PCR CHÀO MỪNG 75 NĂM NGÀY TRUYỀN THỐNG HỌC VIỆN QUÂN Y XÂY DỰNG ĐƯỜNG CHUẨN ĐỂ ĐỊNH LƯỢNG NỒNG ĐỘ LONG NON-CODING RNA IFI6lnc2 VÀ EPB41L4A-AS1 BẰNG PHƯƠNG PHÁP REAL-TIME PCR Nguyễn Minh Nam1,2, Nguyễn Thị Thùy Dịu1, Đinh Thị Thu Hằng1 Nguyễn Đăng Dũng1, Bùi Lan Anh1, Ella Sklan3, Hoàng Văn Tổng1* Tóm tắt Mục tiêu: Xây dựng đường chuẩn để định lượng nồng độ lncRNA IFI6lnc2 vàEPB41L4A-AS1 bằng phương pháp real-time PCR. Phương pháp nghiên cứu:Sử dụng phương pháp real-time PCR định lượng tuyệt đối để xây dựng đườngchuẩn dựa trên các mẫu chuẩn có nguồn gốc từ các plasmid tái tổ hợp chứa genmã hóa cho lncRNA IFI6lnc2 và EPB41L4A-AS1. Kết quả: Nghiên cứu đã nhândòng thành công plasmid pJET-IFI6lnc2 và pJET-EPB41L4A-AS1. Các plasmidtái tổ hợp thu được có nồng độ và độ tinh sạch cao (pJET-IFI6lnc2 có nồng độ1,8 x 1010 copy/µL; pJET-EPB41L4A-AS1 có nồng độ 2,4 x 1010 copy/µL). Hàmsố biểu thị cho đường chuẩn của lncRNA IFI6lnc2: Y = -3,408X + 35,989(R2 = 0,998, E = 96,5%); với lncRNA EPB41L4A-AS1: Y = -3,4706X + 36,225(R2 = 0,999, E = 94,0%). Kết luận: Các đường chuẩn thu được có tương quantuyến tính và hiệu suất phản ứng tốt. Từ khóa: Long non-coding RNA (LncRNA); EPB41L4A-AS1; IFI6lnc2;Đường chuẩn. ESTABLISHMENT OF THE STANDARD CURVE TO QUANTIFY LONG NON-CODING RNA IFI6lnc2 AND EPB41L4A-AS1 CONCENTRATION USING REAL-TIME PCR METHOD Abstract Objectives: To establish the standard curve for quantifying the concentrationof lncRNA IFI6lnc2 and EPB41L4A-AS1. Methods: The absolute quantitative1 Viện Nghiên cứu Y Dược học Quân sự, Học viện Quân y2 Bệnh viện Quân y 103, Học viện Quân y3 Đại học Tel Aviv (Israel)* Tác giả liên hệ: Hoàng Văn Tổng (hoangvantong@vmmu.edu.vn) Ngày nhận bài: 19/01/2024 Ngày được chấp nhận đăng: 29/01/2024http://doi.org/10.56535/jmpm.v49i2.720 245TẠP CHÍ Y DƯỢC HỌC QUÂN SỰ - SỐ ĐẶC BIỆT 2024real-time PCR method was employed to establish the standard curve based onstandard samples derived from recombinant plasmids containing the codinggenes for these lncRNAs. Results: The coding genes for lncRNAs IFI6lnc2 andEPB41L4A-AS1 were cloned successfully in pJET1.2 by conventionalrecombinant methods. The recombinant plasmids exhibited high concentration,with pJET-IFI6lnc2 at a concentration of 1.8 x 1010 copy/µL and pJET-EPB41L4A-AS1 at a concentration of 2.4 x 1010 copy/µL. Standard curveequation of lncRNA IFI6lnc2: Y = -3.408X + 35.989 (R2 = 0.998, E = 96.5%)and lncRNA EPB41L4A-AS1: Y = -3.4706X + 36.225 (R2 = 0.999, E = 94.0%).Conclusion: The results of the standard curve demonstrated a linear correlationand high amplification efficiency. Keywords: Long non-coding RNA (LncRNA); EPB41L4A-AS1; IFI6lnc2;Standard curve. ĐẶT VẤN ĐỀ Hiện nay, real-time PCR vẫn được RNA dài không mã hóa (long non- coi là phương pháp chuẩn để phátcoding RNA, lncRNA) là các phân tử hiện và phân tích biểu hiện của các gen và lncRNA [5]. Tại Việt Nam, hiệnRNA không mã hóa protein, có chiều nay vẫn chưa có nghiên cứu về địnhdài > 200 nucleotide [1]. Ngày càng có lượng nồng độ các lncRNA IFI6lnc2nhiều nghiên cứu chỉ ra rằng các và EPB41L4A-AS1. Để phục vụ cholncRNA rất cần thiết trong diễn biến việc định lượng nồng độ hai lncRNAcủa các bệnh truyền nhiễm [2]. Trong trên, chúng tôi tiến hành nghiên cứuđó, hai lncRNA là EPB41L4A-AS1 này nhằm: Xây dựng quy trình định(EPB41L4A antisense RNA 1) và lượng nồng độ lncRNA EPB41L4A-IFI6lnc2 (LINC02574 - Long AS1 và IFI6lnc2 bằng phương phápIntergenic Non-Protein Coding RNA real-time PCR.2574), đã được chứng minh có vai tròđiều hòa miễn dịch, ức chế hoặc tăng ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁPcường sự sao chép của một số virus như NGHIÊN CỨUSARS-CoV-2, virus cúm A [3, 4]. Do 1. Đối tượng nghiên cứuđó, việc định lượng nồng độ của hai Plasmid chứa các trình tự gen mãlncRNA này đóng vai trò quan trọng hóa cho lncRNA IFI6lnc2 vàtrong nghiên cứu bệnh truyền nhiễm. EPB41L4A-AS1 được cung cấp bởi246 CHÀO MỪNG 75 NĂM NGÀY TRUYỀN THỐNG HỌC VIỆN QUÂN YTS. Ella Sklan, Đại học Tel Aviv các plasmid này vào tế bào khả biến E.(Israel) ký hiệu pJET-IFI6lnc2 kích coli DH5α bằng phương pháp sốcthước 3.275bp; pJET-EPB41L4 ...