Đánh giá mối quan hệ di truyền của heo rừng Việt Nam dựa trên vùng D-Loop ty thể

Trong bài viết này, các vị trí biến đổi của vùng d-loop được sử dụng để đánh giá khoảng cách di truyền và mối quan hệ phát sinh loài. Các dữ liệu trên còn được sử dụng để so sánh với các quần thể heo rừng châu Á khác bao gồm heo rừng Thái Lan, Hàn Quốc và Indonesia để đánh giá mối quan hệ di truyền.
Nội dung trích xuất từ tài liệu:
Đánh giá mối quan hệ di truyền của heo rừng Việt Nam dựa trên vùng D-Loop ty thểTẠP CHÍ SINH HỌC 2013, 35(3se): 200-206ĐÁNH GIÁ MỐI QUAN HỆ DI TRUYỀN CỦA HEO RỪNG VIỆT NAMDỰA TRÊN VÙNG D-LOOP TY THỂHoàng Nghĩa Sơn1*, Nguyễn Thị Phương Mai2, Hà Thanh Tùng2, Lê Thị Châu2,Nguyễn Hữu Duân2, Nguyễn Khắc Duy1, Đoàn Chính Chung3, Đỗ Minh Sĩ3, Lê Thành Long11Viện Sinh học nhiệt đới, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam, *hoangnghiason@yahoo.com2Viện Nghiên cứu khoa học Tây Nguyên, Viện Hàn lâm KH & CN Việt Nam3Trường Đại học Khoa học tự nhiên, ĐHQG tp. Hồ Chí MinhTÓM TẮT: DNA ty thể được sử dụng để phân tích mối quan hệ phát sinh loài của heo rừng, trong nghiêncứu này, trình tự vùng D-loop ty thể được sử dụng để đánh giá tính đa hình và mối quan hệ phát sinh loàicủa heo rừng Việt Nam và các quần thể heo rừng khác của châu Á. Việc nghiên cứu các vị trí biến đổitrong vùng D-Loop và phân tích quan hệ di truyền cho thấy quần thể heo rừng bao gồm các cá thể heorừng bản địa Việt Nam và các cá thể heo lai (lai giữa heo rừng Việt Nam và heo rừng Thái Lan). Ba vị tríđa hình mới được tìm thấy ở heo rừng Việt Nam. Bảy vị trí biến đổi của heo rừng Thái Lan được tìm thấyở heo rừng lai. Việc xây dựng cây phát sinh loài cho thấy hầu hết các cá thể heo rừng lai có mối quan hệdi truyền gần với heo rừng Thái Lan, đặc biệt là heo rừng vùng Sansai của Thái Lan. Các cá thể heo rừngbản địa Việt Nam ở khu vực vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà và rừng Tánh Linh giống nhau về mặt ditruyền và nằm trong một nhóm. Heo rừng Việt Nam tách biệt về mặt di truyền so với các nhóm heo rừngchâu Á khác như heo rừng Hàn Quốc, heo rừng Thái Lan và heo rừng Indonesia với khoảng cách di truyềnlớn.Từ khoá: DNA ty thể, heo rừng, khoảng cách di truyền, phát sinh loài, vùng D-loop.MỞ ĐẦUViệt Nam nằm trong khu vực Đông Nam Á,đây là khu vực được coi là nguồn gốc phát sinhcủa giống heo Sus [10], có đến 6 trên 8 loài đãđược xác định sự hiện diện của chúng ở khu vựcnày. Một vài giống heo bản địa của Việt Namđã được mô tả về mặt di truyền bằng việc sửdụng microsatellites để đánh giá sự đa dạng ditruyền [16]. Hơn nữa, một số biến đổi trongDNA ty thể đã được mô tả ở heo nhà Việt Nam[5,6]. Tuy nhiên, mối quan hệ di truyền củaquần thể heo rừng Việt Nam còn chưa được môtả rõ. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụngvùng D-loop ty thể để phân tích mối quan hệ ditruyền của heo rừng Việt Nam và heo rừng từcác khu vực khác như Hàn Quốc, Thái Lan,Indonesia. Các trình tự heo rừng này được thunhận từ Genbank. D-loop là một trình tự biếnđổi trong DNA ty thể [1]. Và nhiều nghiên cứutrên heo đã được tiến hành dựa trên các vị tríbiến đổi của vùng D-loop này [3, 11]. VùngD-loop còn được sử dụng cho việc phân tíchmối quan hệ phát sinh loài dựa trên heo nhà vàheo rừng ở khu vực châu Á và châu Âu [18, 20].Trong nghiên cứu này, các vị trí biến đổi củavùng d-loop được sử dụng để đánh giá khoảng200cách di truyền và mối quan hệ phát sinh loài.Các dữ liệu trên còn được sử dụng để so sánhvới các quần thể heo rừng châu Á khác bao gồmheo rừng Thái Lan, Hàn Quốc và Indonesia đểđánh giá mối quan hệ di truyền .VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨUThu mẫu DNACác cá thể heo rừng Việt Nam được sử dụngtrong nghiên cứu này. Các mẫu heo rừngViệt Nam được thu nhận từ khu vực Tánh Linh(6 mẫu), khu vực vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà(4 mẫu) và khu vực Bảo Lộc (9 mẫu). Các mẫuđược thu nhận và bảo quản ở -20oC và đượcchuyển về phòng thí nghiệm. Các trình tự khácđược thu nhân từ Genbank (bảng 1).Tách chiết DNADNA tổng được thu nhận từ mô tai của heorừng Việt Nam. Các mẫu mô được phá bằngdung dịch chiết (10 mM Tris-HCl, 10 mMNaCl, 25 mM EDTA và 1% sodium dodecylsulfate) với proteinase K (1 mg/ml) [9]. DNAsau đó được tinh sạch bằng dung dịchphenol:chloroform:isoamylalcohol25:24:1(Sigma) và được tủa bằng ethanol (Merck).Hoang Nghia Son et al.DNA tổng được hòa tan trong dung dịch TE(0,1 mM Tris-HCl và 0,1 mM EDTA) và đượcbảo quản ở -20oC.PCRTrình tự vùng D-loop ty thể được khuếchđại bằng cặp mồi: xuôi mitL76 5’-AATATGCGACCCCAAAAATTTAACCATT-3’ và mồingược mitH6 5’-ACGTGTACGCACGTGTACGC-3’ [11,19]. Tổng thể tích phản ứng PCRlà 50 µl bao gồm 5 µl 10X PCR Buffer (P2192,Sigma), 1,5 mM MgCl2, 200 µM dNTP (D7295,Sigma), 0,05 units/µl Taq DNA Polymerase(D6677, Sigma), 0,5 µM mồi xuôi và mồingược. Chu kì phản ứng PCR bao gồm: 1 chu kìbiến tính DNA ở 94oC trong 5 phút, 40 chu kì:94oC trong 30 giây, 60oC trong 45 giây, 72oCtrong 45 giây, và 72oC trong 10 phút. Kết quảphản ứng PCR được điện di trên gel agarose1%. Sản phẩm khuếch đại có kích thước 602bp.Bảng 1. Sự phân bố của heo rừngHaplotypesVN1-VN5, VN7VN8-VN11VN12-VN20TLSS1-TLSS4TLMS1-TLMS6K1-K9I1-I5Khu vực phân bố (Accession number)Vườn quốc gia Bidoup-Núi Bà(JQ898530-JQ898535)Rừng Tánh Linh(JQ898536- JQ898539)Bảo LộcSansai, Chiangmai, Thái Lan (AM779933,AM779934, AM779936, AM779937)Mae Sariang, Chiangmai, Thái Lan(FM244683-FM2 ...